Amorphous Cell【DOC精选】.docVIP

反应物的优化是没有发生化学反应前的最低构象结构。如果是A+B的反应，应该单独各自优化。过渡态是发生化学反应生成产物的最低反应路径中能量的最高点——这个只针对基元反应而言，如果不是基元反应，就没有过渡态这个说法——虽然复合反应也是多个基元反应的组合，其中每个基元反应有每个基元反应自己的过渡态，但没有总体的说复合反应的过渡态的说法。如果A+B放在一起优化，没用TS，没有虚频，而能量明显降低了，结构有明显变化，那就是出现了反应前期络合物，这个就要分步处理了。如果能量变化不明显，也许是由于BSSE引起的，也许是属于物理吸附，典型的范德华力作用，这个不属于化学反应范畴。所以，你优出来的的，要看能量变化，要看结构，没有虚频就是稳定构象，不会是过渡态。能量变化大，结构变化大，就属于前期络合物，此为中间体，它的形成单独是一个基元反应，也应该有过渡态（不一定非要找，看情况处理），然后再找中间体和产物的过渡态去。如果结构没有明显变化，那就没必要放在一起优化。Amorphous Cell：提供Amorphous Cell模块中的工具，可以建立复杂无定型系统中的代表性模型并预测它们的性质。 CASTEP：提供CASTEP模块中的工具，可以进行第一原理量子力学计算，研究如半导体、陶瓷、金属、矿物和浮石等晶体或表面的性质。 Dmol3:提供Dmol3模块中的工具，可以进行基于泛函密度理论的量子力学计算，分析分子和周期系统。 PDP：提供PDP模块中的工具，可以进行大尺度长时间的介观动力学模拟。 Discover：提供Discover经典模拟模块中的工具，可以优化分子结构，计算电子经典轨道，分析很大范围内的结构和轨道的性质。 Equilibria：提供Equilibria模块中的工具，可以确定烷烃和其它小分子结构的相图。 Forcite：提供Forcite模块中的分子动力学工具，可以研究很大范围内的系统。它最主要的近似是原子核运动所处的势场用经典力场代替。 MesoDyn：提供MesoDyn模块中的工具，可以研究复杂流体动力学和在大尺度长时间中的平衡状态。 Reflex：提供Reflex和Relex Plus模块中的工具，可以查看、模拟、索引和精修粉末衍射的数据，求解晶体结构。 VAMP：提供VAMP模块中的工具，可以使用半经验量子力学算法模拟气体和溶液中的反应和性质。、 你guess一个过渡态以后，需要进行结构优化后才可以进行振动分析 搜索properties，搜到最后一个时停止，在附近就可以找到你需要的energy of barrier. Help菜单 它包括以下菜单项： Help Topics：显示Materials Studio Help Viewer。所有帮助主题都列在目录栏。 Using Help：显示怎样使用帮助的主题。 Getting Started：显示开始使用Maerials Studio的帮助主题，包括： ???安装和系统需求。 ???许可。 ???从老版本升级。 ???简单演示 Tutorials：显示已安装Materials Studio模块的演示。 Accelys on the Web：浏览Accelrys主页。 Materials Studio Home Page：浏览Materials Studio主页 About：显示有关Materials Studio安装的信息。 Materials Studio启动时默认不显示Properties Explorer。你可以通过View|Explorers|Properties Explorer菜单命令控制它的显示与否。 你可以通过双击属性列表中适当的显示栏来编辑属性的值。双击时，显示一个对话框，键入新值。对话框的类型根据属性的不同而不同。 Properties Explorer顶部的Filter显示活动文档中选定对象的类型。从Filter列表中选择一直对象类型后Properties Explorer就只显示那类对象的性质。 当选定一种以上对象类型（Filter没有设置为All），属性列表只显示选定对象的共有属性。属性的值只在所有选定的对象都有相同的值时才显示。 并不是所有的属性都可以编辑。不能编辑的属性以灰色显示。 注意：现在，automatic hydrogen adjustment（自动氢原子调整）在用Properties Explore改变原子和键的属性后不会自动执行。