《生物医学图像编程实现技术》上机指导说明书【DOC精选】.docVIP

《生物医学图像编程实现技术》 上机指导说明书 （初稿） 杨春兰 编写 北京工业大学生命科学与生物工程学院 实验一 ITK快速入门 The Insight Toolkit (ITK)是由美国著名机构NIH和NLM及GE, Kitware, Mathsoft等商业公司、UNC、UT、UPenn等研究机构联合开发的用于医学图像分割和配准的开源软件。相关参考资料可查询网站。由于分割和配准是医学图像处理领域研究的热点和难点，因此很多问题都需要使用这两部分内容的相关算法。ITK使用C++作为编程语言，便于用户的后期开发。本课程的实验采用ITK和VC++两个平台，目的是以ITK的示例代码为依据和参考，同时实现在VC下算法的代码调试。 ITK的安装 以Windows系统为例，首先需要准备CMake软件（可从下载）。安装前须建立两个文件夹实现ITK的源码存放和编译。如：建立ITK-Source文件夹用来存放ITK软件源码；建立ITK-Binary文件夹用来对其进行编译。运行CMake软件，按照弹出的提示框设置好ITK-Source和ITK-Binary文件夹所在的目录、进行编译使用的VC版本，如图1-1所示。需要注意的是，在红色显示的可选值设置中，为了加速编译速度，可将Build-examples, Build-shared-libs, Build-testings都选择为OFF。比如需要对某一个特定的示例程序进行编译，可以找到其源代码单独进行编译。如果这里选择了ON, 那么今后不需要对相应的代码再进行编译，但是需要较长的时间等待编译过程（如Examples在一般配置的PC机上需要编译两个小时）。 选择好初始设置后，点击Configure按钮，十五分钟后，即可完成ITK工程文件的编译。在ITK-Binary文件夹中，找到ITK.dsw文件，在VC平台中对其进行编译，调试成功后就可以使用ITK了。 ITK的使用 以测试程序HelloWorld为例，使用ITK中的示例程序时，首先需要利用Cmake编译生成VC平台下可以编译的工程文件，然后方可在VC平台下编译调试C++代码。 第一步，需要建立CMakelist.txt文件： 图1-1 CMake软件相关参数设置界面 PROJECT(HelloWorld) FIND_PACKAGE(ITK) IF(ITK_FOUND) INCLUDE(${ITK_USE_FILE}) ELSE(ITK_FOUND) MESSAGE(FATAL_ERROR ITK not found. Please set ITK_DIR.) ENDIF(ITK_FOUND) ADD_EXECUTABLE(HelloWorld HelloWorld.cxx ) TARGET_LINK_LIBRARIES(HelloWorld ITKCommon) 其他程序的CMakelist.txt文件格式与其相似，特别需要注意的是ADD_EXECUTABLE和TARGET_LINK_LIBRARIES中要分别正确填写工程名、源代码文件名和编译链接时需要用到的类库。 第二步，将Helloworld.cxx和写好的CMakelist.txt文件放到同一个文件夹中，比如Helloworld-Source文件夹，同时需要建立文件夹用以CMake编译，比如Helloworld-Binary文件夹。 第三步，启动CMake软件，设置好源程序目录Helloworld-Source文件夹和目标文件夹Helloworld-Binary文件夹，点击Configure按钮进行编译，在Helloworld-Binary文件夹中生成Helloworld.dsw文件。 第四步，在VC平台中编译Helloworld.dsw文件，生成可执行文件Helloworld.exe文件。 至此，利用ITK就将Helloworld工程编译成功了，运行Helloworld.exe文件，会弹出相应提示框。对于编译好的工程，需要在Dos环境下运行可执行文件。在开始-〉运行命令窗口中，键入cmd命令进入Ms-Dos，然后进入Helloworld-Binary文件夹所在目录，找到Debug文件夹，执行Helloworld.exe文件，按照提示参数输入具体参数值，确认即可进入处理状态。 实验二 BMP文件的读写操作 BMP文件的结构 为了结合利用VC实现图像处理编程算法的代码编写，以常用BMP图像文件为例，首先说明BMP文件的结构。BMP图像文件分为以下四部分：位图文件头、位图信息头、颜色表和位图数据。 表2-1 BMP文件结构 BITMAPFILEHEADER 位图文件头 bfType b