分析埃博拉病毒毒株的基因组变异特征.docVIP

分析埃博拉病毒毒株的基因组变异特征 　　埃博拉病毒(Ebola　virus，EBOV)是能够在人类和灵长类动物中引起高死亡率的病毒，被WHO列为对人类危害最严重的病毒之一，位居第四级致病生物[1]。EBOV属于丝状病毒科(Filoviridae)、丝状病毒属(Filovirus)，其基因组为不分节段的单股负链RNA，全长约19kb，共有7个基因、9个开放阅读框，分别编码NP(nucleoprotein)、VP35(virionprotein　35)、VP40(tein　40)、GP(glycoprotein)、sGP(secreted　glycoprotein)、ssGP(small　secreted　glycoprotein)、VP30(tein30)、VP24(tein　24)和L(RNA-dependentRNA　polymerase)蛋白。EBOV共分为5个亚型，分别是扎伊尔型、苏丹型、科特迪瓦型(塔伊森林型)、莱斯顿型及本迪布焦型。自1976年首次暴发以来，乌干达、苏丹和刚果民主共和国等中非国家先后发生过20多起EBOV疫情，绝大数的疫情都是由扎伊尔型或苏丹型EBOV引发的。在既往发生的历次EBOV疫情中，一般仅有几十或上百例感染者，最严重的疫情也只有300多例感染者(1976年和1995年刚果民主共和国暴发的两次EBOV疫情中，分别有318例和315例感染者)。然而，2014年在西非国家暴发的EBOV疫情，自2月以来在西非的几内亚、塞拉利昂和利比里亚等国家不断蔓延，根据世界卫生组织(WHO)的统计，截至2014年10月7日，上述3个国家的EBOV感染病例共计8　376人，其中4024人死亡，病死率为48%(http：///csr/disease/ebola/situation-reports/en/)。此次疫情中流行的毒株是扎伊尔型EBOV，与既往该型病毒引发的绝大多数疫情相比，此次疫情感染者的病死率显著降低(http：///)。这提示此次疫情中的EBOV毒株基因组序列很可能发生了变异，从而导致流行病学特征的变化，即病毒的致死能力减弱(表现为病死率显著低于既往疫情)，人际传播能力增强(表现为感染病例远远多于历次疫情感染病例的总和)。本研究对NCBI公共数据库中所有的EBOV　2014扎伊尔型毒株基因组序列(102株)进行了分析，通过研究其变异特征，探讨EBOV基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。 　　1　材料和方法 　　1.1　EBOV基因组序列来源 　　选取NCBI公共数据库中现有的扎伊尔型EBOV全基因组序列共计130条，其中102条序列来自2014年毒株，序列编号为AF272001.1，AF499101.1，AY142960.1，AY354458.1，EU224440.2，HQ613402.1，HQ613403.1，JQ352763.1，KC242784.1-KC242801.1，KF827427.1，NC002549.1，KJ660346.1-KJ660348.1，KM034549.1-KM034563.1，KM233035.1-KM233118.1。1.2　分析方法　以1976年EBOV扎伊尔型毒株的全基因组序列(NCBI序列号：NC002549.1)作为参考序列，通过Mummer3.0软件(http：///)分析其余129株EBOV的基因组变异特征。使用MEGA5软件[3](http：///)，利用近邻结合法(neighbor-joining)进行蛋白进化分析。应用CPHmodels(http：//www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/)软件，根据蛋白的同源性获得GP蛋白的pdb文件，利用PyMOL软件(http：///)模拟GP蛋白的三维构型。 　　2　结　果 　　2.1　EBOV　2014扎伊尔型毒株基因组变异特征 　　选取EBOV　1976毒株的基因组序列作为参考序列，我们发现在102条EBOV　2014扎伊尔型毒株基因组序列中，共存在606个变异位点(singlenucleotide　variants，SNVs)，其中228个SNVs分布在基因组的非编码区，378个SNVs分布在NP、VP35、VP40、GP/sGP/ssGP、VP30、VP24和L基因的编码区。位于基因编码区的378个SNVs中，共有84个位点的变异属于非同义突变，其中35个SNVs均曾经一次或多次出现于以往的EBOV毒株序列中，而其余49个SNVs是EBOV　2014扎伊尔型毒株所特有的。有37个EBOV　2014毒株特有的SNVs(表1中以粗体标示)在102条EBOV　2014扎伊尔型毒株的基因组序列中是多次重现的(recurren