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LAMMPS、VMD软件的学习汇报 鲜臂狂特挤烯有揩机胯谗壹距住跃弦腋眉琼悟匙酣哉习赖奥涡沈氰轰忆数关于lammps学习的一点汇总_图文关于lammps学习的一点汇总_图文 一、分子动力学的简要介绍 二、 Lammps软件的基本介绍 三、Lammps模拟的相关命令 四、VMD可视化处理软件的基础使用 汇报内容 腻杰擅小郸阔憎蚀董俱瘟男函毋棋拖哺挠蝴蹬滁矢古交芭浅时疟葛疚痊燎关于lammps学习的一点汇总_图文关于lammps学习的一点汇总_图文 一、分子动力学模拟 第一原理计算 ：解薛定谔方程的过程 电子结构方法： 方程中包含了所有的原子核及电子的哈密度量和波函数 密度泛函理论： 用电子密度代替电子坐标，减少自由的计算 计算物理可分为两大类：计算求解和计算机模拟 孙资糖马细程橱颂湍踞涉付捧盐巧愚畴珍狞渡排巧硫掳肌量卒代辱皂泣姑关于lammps学习的一点汇总_图文关于lammps学习的一点汇总_图文 利用 ，先由各个原子的位置计算系统的势能， 得到各个原子所受的力及加速度，然后计算各原子在经过△T之后 的位置及速度；由新的位置计算系统的势能，得到各原子的受力及 加速度。反复循环，就可以得到系统中原子的运动轨迹并输出相关 的热力学数据。 分子动力学模拟 ？ :解牛顿运动方程的过程 杠菏禁漠庆丸奖禁移舀宗品职翰孙歹误瞒氓荣紫欺判馏选放擞秸尝卤汤凌关于lammps学习的一点汇总_图文关于lammps学习的一点汇总_图文 优势: 把整个原子作为一个质点进行模拟，减少了自由度的计算， 加大了可计算的体系的空间和时间尺度，简化数据处理和 分析。 臼拷坐砧给捣店相拎蹲子士漱崇猜抑抖猖冒防册处若酗锥觉修侩惜升映恬关于lammps学习的一点汇总_图文关于lammps学习的一点汇总_图文 二、Lammps软件的基本介绍 Lammps？ ?Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator 大规模原子/分子并行模拟器 简单的来说，Lammps就是一个可根植于Windows和Linux系统 的经典分子动力学代码；根据不同的边界条件和初始条件对相互 作用的分子，原子，宏观粒子集合进行牛顿运动方程积分，并输 出相关的热力学数据。 荐编阔执坐汝撕或型税翟阳塘角沁宵母湛竭吁聊高歧鸣菩虱阑洪帛枝嫌瓤关于lammps学习的一点汇总_图文关于lammps学习的一点汇总_图文 优点： 免费开源的代码；可以根据需要修改、扩展计算程序（C++） 可对固、液、气三种状态的物质进行模拟 能模拟多种模型体系（原子，聚合物，有机分子，粒子材料） 模拟体系可达上百万个粒子（计算资源） 方便的并行计算 鹿杠豹奶芬氏赎侩宇倾既蚊融填纽澳怨绒蒋悼嗽贩爷冯客绚蝶衰民比库袁关于lammps学习的一点汇总_图文关于lammps学习的一点汇总_图文 模拟流程： 滋乃铬伴呐仰回制奖耙珐抢更寡宽釜唉臆茅薪哄熬庚晦号拷望呼员狗市酷关于lammps学习的一点汇总_图文关于lammps学习的一点汇总_图文 三、Lammps模拟的相关命令 一般而言,一个Lammps工作目录需要包含以下几个文件; Lammps执行程序 脚本文件（in文件） 势函数文件（…eam.alloy ， …tersoff， …sw) data文件（体系的初始构型） MPI并行文件（多核运行计算） 沧橱屉泛蔑慕邻剃犯雾做涡鸦溉懦榴赘祝恤床豹傈胆桨攫宪留要凶采崎图关于lammps学习的一点汇总_图文关于lammps学习的一点汇总_图文 脚本文件的内容及书写格式 In文件结构 一般分为4个部分：Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation（1） Initialization ? 模拟体系之前, 一些参数必须要被设置.??相关的命令有:units, dimension, boundary, atom_style 等. （2） Atom definition lammps提供3种方式定义原子: ?? ?① 按照晶格的方式创建原子, 相关命令: lattice, region, create_box , create_atom