应用Dynal磁珠分离大熊猫微卫星标记的研究-CentreforGenomic.doc

Enrichment of Giant Panda Microsatellite Markers Using Dynal Magnet Beads SHEN Fu-Jun1, Phill Watts2, ZHANG Zhi-He1, ZHANG An-Ju1, Stephanie Sanderson3, Steve J. Kemp2，YUE Bi-Song4 (1.Chengdu Research Base of Giant Panda Breeding, Key lab for the Conservation GeneticsReproduction of Sichuan Province, Chengdu 610081, China; 2.The University of Liverpool, Liverpool L 69 7ZB， UK; 3.Chester Zoological Garden, Upton, Chester CH2 1LH UK; Sichuan University, Chengdu 610031, China ) Abstract: The 400-600bp DNA fractions of giant panda containing STR sequences were captured by hybridization with the oligonucleotide probes attached to streptavadin coated magnetic beads (Dynal) . The enriched DNA were ligated into pGEM-T and then transformed into E. coli JM109 competent cells. In total 260 positive clones were identified from 2880 clones in the libraries which were screened byγ-P33 radiolabelled probes. Finally, we got 54 sequences and successfully designed 37 pairs of STR primers for giant panda. The results showed that this method is very efficient to isolate microsatellite markers. Key Words: Dynal magnetic beads; giant panda; enrichment; microsatellite Dynal磁珠富集大熊猫微卫星标记 沈富军，4,①*，Phill Watts2*, 张志和1*，张安居1， Stephanie Sanderson3, Steve J. Kemp2，岳碧松4 成都大熊猫繁育研究基地、濒危动物保护遗传与繁殖四川省重点实验室,成都610081; 2.英国利物浦大学,利物浦L 69 7ZB;3.彻斯特动物园,彻斯特 CH2 1LH；4.四川大学，成都610031) 摘 要： 应用Dynal磁珠-生物素标记的微卫星探针与大熊猫基因组酶切片段杂交，捕获400~600 bp含有微卫星序列的DNA片段，连接到pGEM-T载体中，构建富集微卫星序列的小片段插入文库。应用γ-P32标记的探针筛选文库，从2880个转化子中获得了260个阳性克隆。对54个序列进行了测序，并成功地设计了大熊猫微卫星引物37对。该方法能有效提高筛选微卫星标记的效率。 关键词： Dynal磁珠；大熊猫；富集；微卫星标记 中图分类号：Q343 文献标识码：A 文章编号：0379-4172(2005) 微卫星（Microsatellite）是广泛分布于基因组中的一类高变异串联重复DNA序列。其变异性来源于DNA复制时链滑动所造成的重复数目的差异 [1]。在哺乳动物中，微卫星的突变率为每世代10-5到10-2 [2,3]。由于微卫星具有高水平的杂合性和突变率、双亲遗传模式等优势[4]，加之便于检测、费用低廉，因此广泛用作许多物种的遗传标记。 哺乳动物基因组中含有丰富的微卫星序列。例如，牛基因组中约每188 kb含有一个(CA)n微卫星序列，人类基因组中大约每30 kb 就含有一个(CA)n微卫星序列[5]。现在，家养动物、农作物和人类的微卫星标记数量都很丰富，已广泛用于基因作图、重要性状的连锁分析、个体识别、亲缘关系分析和系统进化等具体应用方面的研究 [6~10]。。 而大熊猫的微卫星标记数量还非常有限。