生物信息学第6章表达序列标签技巧.pptVIP

一、表达序列与表达序列标签 什么是表达序列? 基因组表达为mRNA的序列 中心法则 （五）电子PCR克隆 电子PCR克隆，指利用已经有的片段进行全长基因序列的分析。 * * 第6章 表达序列标签Expressed Sequence Tags (EST) EST的获得技术路线 克隆区域 5‘测 序 位 置 3’测 序 位 置 表达序列标签（expressed sequence tag, EST） 从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5′末端或3′末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列。 一、表达序列标签 二、EST数据分析方法 随机挑取克隆进行5′或3′端测序 序列前处理 聚类和拼接 基因注释及功能分类 后续分析 去除低质量的序列（如使用Phred） 应用BLAST、RepeatMasker或Crossmatch屏蔽数据组中不属于表达的基因的赝象序列(artifactual sequences) ● 载体序列(/repository/vector) ●重复序列(RepBase，) ● 污染序列 (如核糖体RNA、细菌或其他物种的基因组DNA等) 去除其中的嵌合克隆 （一）序列前处理 EST数据预处理流程 聚类目的：将来自同一个基因或同一个转录本的具有重叠部分(o