第六章连锁分析和基因组图谱.pptVIP

* 三、 连锁遗传图(linkage map) 2. 连锁群的数目. 连锁群的数目不会超过染色体的对数，但暂时会少于染色体对数，因为资料积累的不多。 3. 遗传作图的过程与说明。 要以最先端的基因点当作0，依次向下排列。以后发现新的连锁基因，再补充定出位置。如果新发现的基因位置应在最先端基因的外端，那就应该把0点让给新的基因，其余基因的位置要作相应的变动。 * 玉米的连锁遗传图 * 果蝇的连锁遗传图 22.4Mbp 21.1Mbp 27.9Mbp 1.4Mbp 重组率50% !!! 四、Haldane作图函数 * 两个基因座位距离很近时，它们的重组率代表着真实图距。但相距比较远的两个座位之间：重组值不等于交换值（图距）。因为两座位间有很多双交换或多次交换，算重组值时往往偏低，作遗传图时要将所有的双交换，多交换值都加进去。 通过作图函数校正图距（交换值） 作为校正公式应该满足以下两个条件： 最大的重组率不超过50%，因为这个数值已是两个基因的自由组合了。 对较小的重组值应该大致上是加性的。 * * * * * 四、影响交换值的因素 ⑴基因在染色体上的位置。一般来说，越靠近染色体末端的基因其交换率越高。 ⑵基因之间的距离。基因之间相距越远，交换率越高；反之则相反。 ⑶交换型配子生活力的差异会影响交换率的估计。 ⑷减数分裂中同源染色体不能联会或联会不好，无法形成交换型配子或减少交换型配子产生的机会。 ⑸群体大小。当交换率很低时，在小群体中可能不会出现重组型个体，要准确估计交换率，足够数量的群体是必需的。 * ⑹低温、辐射能使交换率提高。 ⑺激素。激素对重组率影响表现在雌雄个体重组率有差异。如雄果蝇的染色体不发生交换，不形成重组型配子，因此在果蝇的基因重组测定中，杂合亲本总是用雌果蝇。但在家蚕中却是雌蚕的染色体不发生交换（♀ZW）。 ⑻二价阳离子（如Ca2+、Mg2+等）也会影响交换率，过高会降低交换率，过低会提高重组率。 ⑼年龄及其它外部条件也会影响基因的交换率 作业： 发挥想象力，提出两个跟遗传学相关的科学问题，可以是你最感兴趣的、一些奇思异想思考过却不知道答案的、你觉得当下最需要解决的、或者是你想出的理论、假说等等。交给各班的学习委员或者班长汇总后email给我。记得名字和问题要对上号。10月27日上课之前我要收到。 * 第三节 基因定位与连锁遗传图 一、连锁分析的方法 二、干扰和符合 三、连锁遗传图 * 基因定位 基因定位(gene location/localization)(基因作图)：确定基因在染色体上的相对位置和排列次序。 连锁图linkage map (遗传图 genetic map): 以交换值去掉百分号为图距单位，把一个连锁群的所有基因在一条直线上排列出来所得到的直线图。交换值为1%为1个单位，1cM（里摩）。 根据两个基因位点间的交换值能够确定两个基因间的相对距离，但并不能确定基因间的排列次序。 例： 玉米糊粉层有色C/无色c基因、籽粒饱满Sh/凹陷sh基因均位于第九染色体上；且C-Sh基因间的交换值为3.6%。 因此，一次基因定位工作常涉及三对或三对以上基因位置及相互关系。 * 两对基因间的排列次序 根据上述信息可知： C-Sh间遗传距离为3.6个遗传单位； 但不能确定它们在染色体上的排列次序，因而有两种可能的排列方向，如下图所示： * 一、 连锁分析的方法 基因连锁分析的主要方法： (一)、两点测验(two-point testcross) 通过三次测验，获得三对基因两两间交换值、估计其遗传距离；每次测验两对基因间交换值；根据三个遗传距离推断三对基因间的排列次序。 (二)、三点测验(three-point testcross) 一次测验就考虑三对基因的差异，从而通过一次测验获得三对基因间的距离并确定其排列次序。 * 两点测验：步骤(1/3) 例：玉米第9染色体上三对基因间连锁分析： 子粒颜色： 有色(C)对无色(c)为显性； 饱满程度： 饱满(SH)对凹陷(sh)为显性； 淀粉粒： 非糯性(Wx)对糯性(wx)为显性. (1).(CCShSh×ccshsh)F1 × ccshsh (2).(wxwxShSh×WxWxshsh)F1 × wxwxshsh (3).(wxwxCC×WxWxcc)F1 × wxwxcc * 两点测验的3个测交结果 * 两点测验：步骤(2/3) 2. 计算三对基因两两间的交换值估计基因间的遗传距离。 * 两点测验：步骤(3/3) 3. 根据基因间的遗传距离确定基因间的排列次序并作连锁遗传图谱。 C-Sh: 3.6 Wx-Sh: 20 Wx-C: 22 * 两点测验：局限性 1. 工作量大，需要作三次杂交，三次测交；