蛋白质结构和功能计算机模拟.pdfVIP

摘耍 摘要 利用分子动力学模拟和静电分析的方法研究了蛋白质TC230的热稳定机制。 通过对蛋白整体静电势的计算解释了蛋白质的热稳定性。通过弹性网络模型，分 子动力学模拟及计算自由能的FEP方法分析了霍乱毒素(CholeraToxin)的结构与 功能。利用分子动力学结合粗粒度势场对口2微球蛋白83．89片断的聚集现象进行 了研究。具体包括： 1．利用全原子分子动力学在显式水环境中模拟了不同温度下耐热性邻苯二酚双 加氧酶(TC230)分子及其突变体P228S的动力学过程。通过分析与结构熵相关的 多弛豫指数从微观上揭示了两者热稳定性的差异。针对TC230表面富含带净电菏 残基的特征，结合求解线性Poisson方程的方法得出蛋白整体静电势，在一定程度 上阐释TTC230依靠表面静电势提高蛋白质热稳定性的机制。 2．通过弹性网络模型简单分析了霍乱毒素(CholeraToxin)的柔性及预测了可能 的低频运动模式。使用全原子分子动力学模拟了霍乱毒素B子单元的结合位点的 柔性，并利用FEP(FreePerturbation)的方法计算了单配体与单个B子单元在 Energy 水溶液中的结合自由能