R语言基础---by_毛岭峰概要.ppt

 六、绘图与图形输出  六、绘图与图形输出  六、绘图与图形输出 布尔逻辑关系 某种聚类  六、绘图与图形输出 Breast cancer gene expression + DNA copy number data set from Chin et al (2006), Cancer Cell  六、绘图与图形输出 Archea virus genome data. Plot of the genome with probabilities of alteration  六、绘图与图形输出 heatmap High-resolution model-based deconvolution of normalized ChIP-chip data derived from tiling arrays  6.1基础绘图 1）绘图基础函数 plot() plot(x, y, main=Main title, sub=subtitle,xlab=x-label, ylab=y-label”,xlim= , ylim= , type = “p, col = red, ) 输入的两个向量数据 标题 副标题 X轴名称 y轴名称 X轴坐标 y轴坐标 类型为点 颜色  6.2基础绘图 points(x,y) #####添加点 lines(x,y) #####添加线 text(x,y,labels,) ####在（x,y）处添加用labels指定的文字 abline(h=y) ###在纵坐标y处化直线 abline(v=x) ####在横坐标x处画直线,很有用的函数 abline(lm.obj) ####画由lm.obj确定的回归线；如lm.obj-lm(x~y),执行abline(lm.obj)既添加上了回归线 axis() ##画坐标轴坐标轴 box() ###外框 2）部分低级绘图命令  6.2基础绘图 hist(x, breaks=10,xlim=c(5,13),ylim=c(0,4),col=“blue) 3）频率分布图的绘制 分组 坐标  6.2基础绘图 boxplot(x~y, =, xlim= ,ylim= ,col=“blue) 4）箱式图的绘制 boxplot() 数值 类型  6.2基础绘图 eg. x - rnorm(100) hist(x,freq=F) curve(dnorm(x),add=T) 5）联合不同图形  6.2基础绘图 par(mfrow=c(3, 4)) 6）一页多图设置 par还有很多功能，可以有很多参数设置，可以尝试奥!  6.3 图形输出 1）利用R本身图像存储功能- --低分辨率  6.3 图形输出 2） 利用bitmap()函数输出高分辨率图形 ——大于300dpi才能被杂志接受 在这之前需要先进行ghostscript软件 bitmap(file= test.jpg, type=jpeg, res= 600) plot() dev.off 文件名 类 型 分别率 输出夹在bitmap和dev.off中的图，就不在R的画图界面显示了  七、函数包的使用  没有函数包就不成R！ 七、函数包的使用 1）什么叫函数包？ 完成某项工作的函数集合，比如进化分析这种主题的函数可能会被放到一起打个包文件格式为.zip，这就是R包。里面包含了函数、数据、帮助文件、描述文件。他里面的函数是独立使用的，你的工作可能并不需要里面所有的函数，但是需要在用这个包里面函数的时候，安装这个R包。  主要的一些R包举例 七、函数包的使用 ape 系统发育与进化分析 apTreeshape 进化树分析 ouch 系统发育比较 phangorn 系统发育分析 seqinr DNA序列分析 clusterCons  / 下载R包  下载和安装包  安装packages 方法1）通过已经下载到你电脑的包，本地安装这个压缩包，不需要解压。  安装packages 方法2）通过网络在线安装—推荐。 install.packages (“包名字) 选个你要下载的来源镜像  包的调用 library( 包名 ) 由于某个包里面可能用到了其他包的一些函数，所以当系统提示你还需要调入其他函数的时候，用library同样的方法，载入其