精子发生中LncRNA及互作用复合体的动态调控网络-ZhangLab!.pptVIP

精子发生lncRNA重注释的方法论探索 张勇 中国科学院动物研究所 2015年12月6日 2015CB943000:长非编码RNA在精子发生中的功能及机制 课题1：精子发生中LncRNA及互作用复合体的动态调控网络 lncRNA与蛋白编码基因难以区分 Hangauer et al. Genome Biology (2014) lncRNA调控网络的建构与重要lncRNA的筛选方法论 结构：lncRNA表达量往往偏低，不确定能否拼出其全长序列；尝试基于PacBio减法杂交的策略测主要细胞类型的转录组。 编码：lncRNA的跨物种保守性不高，蛋白编码能力很难预测，尝试蛋白质组和翻译组测序。 功能：lncRNA功能大多未知，分类混乱，尝试共表达网络推测其功能。 PacBio vs. Illumina PacBio目前主要用于基因组组装，但也可产生全长转录本数据，有其考虑到Sequel的推出，基于PacBio的转录组测序或成为常态。 该1k的转录本只能编码77个氨基酸的读码框，该小肽不能匹配任何已知蛋白。 PacBio睾丸转录组测序数据检测出400个未被注释的基因，大多应为lncRNA PacBio转录组不容易覆盖低表达基因 从表达量上可以看到，被检测的基因大部分的TPM的值都比较高。图中所示median值分别为1.76和18.97。减法杂交或可增加PacBio的覆盖度，摸索中。 lncRNA调控网络的建构与重要lncRNA的筛选方法论 结构：lncRNA表达量往往偏低，不确定能否拼出其全长序列；尝试基于PacBio减法杂交的策略测主要细胞类型的转录组。 编码：lncRNA的跨物种保守性不高，蛋白编码能力很难预测，尝试蛋白质组和翻译组测序。 功能：lncRNA功能大多未知，分类混乱，尝试共表达网络推测其功能。 基于蛋白质组评估Ensembl/Gencode 非编码基因注释的可靠性 在线基因重注释数据库GenTree的开发 蛋白质组分析显示小部分公共数据库里注释的非编码基因很 可能编码蛋白，其它条目中是不是还存在蛋白表达水平较低 因而逃脱了质谱检测的基因？呼唤翻译组测序。 翻译组测序可以捕获正在活跃翻译的RNA lncRNA调控网络的建构与重要lncRNA的筛选方法论 结构：lncRNA表达量往往偏低，不确定能否拼出其全长序列；尝试基于PacBio减法杂交的策略测主要细胞类型的转录组。 编码：lncRNA的跨物种保守性不高，蛋白编码能力很难预测，尝试蛋白质组和翻译组测序。 功能：lncRNA功能大多未知，分类混乱，尝试共表达网络推测其功能。 共表达网络可用于俘获定义某个器官独特性的基因共表达网络 M1富集各类lncRNA，该模块中的lncRNA下游功能研究中价值或许较高。 感谢各位！ * * * * hold/21231/ccs AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAGTTACCCTTGTGAATCTTAATTTAACTTGTTTTTTTTTTCCGGTACAAAAAAAGTTCAGCTCACTGCTGTGGATTTCTCGGTATAAAAGTGCTATTTTCAGTAATGGTGCCCGCCCCGTTTATTTAATTCCATTTAACACTCCACTCGGACTCTTCATATCTTTGTTTACCATTATGGGAAAAGCTCGGCTGGCCATCTCACAATGCGACCAAGAGTGGATAGTTGAATAATAAACAAAACGCAAACTGCCCCACAAAGGCATTAAGCTTCATTGGCTTTCAAGTGCCCGAGAGTTGGAGGCGGAGACGGGTGGCGTGGCCACTGCACTCGACCAGGACATGTCTTGTACATGGTCTAAAAAGCATTTTAAATAAAATTAAAATCAAATTGCAAGTATATGGGTTTTGGCGTCAGATAACAAGAAAATGCTATTGAATACAATGCCAAAGTTCTGCCAGGATGTGTGTGCGTTGAGGAAGGAGAGCCAGAGCCGAGCATCCTCGGCGGTCCATTGACTGTGACCCCACGATAGCAAATTGATTCTGCCAGGACTCACAAAAGCCGAAGCCGAGATGGAAGCTGTGTCCCTATGGACACACAAGAATGAAACGTCCATTCAGCCAAGTAGTTACCTTCGAATGGATAAAATGGAAAGTTATATATATATATACATACATATAGTTATATGGAAGGACCCCAGGCGAATATTTTCCTCACCAGCGATGGAGAATTTAATGAAGCCATAAATTATGGTCGGCGAAATGATATTGGATAATTGAATT