第1章生物分子导论剖析.ppt

第 1 篇 生物分子的结构和化学 我们所处在的地球充满着无数的生物，从最简单的病 毒、类病毒到菌藻树草，从鱼虫鸟兽到最复杂的人类，处 处都可以发现它们的踪迹，觉察到生命的活动。地球上的 生物形形色色，千姿百态。不同的生物，其形态、生理特 征和对环境的适应能力各不相同，都经历着生长、发育、 衰老、死亡的变化，都具有繁殖后代的能力。 一、生命物质的化学组成 自然界所有的生命物体都由三类物质组成：水、无机离子和生物分子。 生 物 分 子 指构成生物的蛋白质、核酸、多糖、脂质以及它们的构件分子和代谢中间物等。 生物分子的基本特征 1.生物分子是碳的化合物 2. 生物大分子及其构件 生物分子中最重要的蛋白质、糖和核酸几类物质，分子量一般都很大，所以又称为生物大分子。 构件 (也称构件分子或单体） 蛋白质： 核酸： 多糖： 二、立体异构与构型 几个重要概念 3、旋光度 7. 立体异构体：具有相同的结构式，但原子在空间的排列方向不同而引起的异构体。 8. 构型：指立体异构体分子中, 各原子或基团在空间的相对分布或排列称为分子的构型。构型的改变必须有共价键的断裂。 顺反异构体的构型 RS分子命名时，每个手性碳原子都需标明。 如D-葡萄糖的C2345分别是RSRR， 全称为2R3S4R5R-五羟己醛糖。 名字很长，但结构清晰。 RS是各个手性碳原子的空间结构。 （二）生物分子间相互作用的立体专一性 外消旋物 立体异构专一性 （1）旋光异构专一性:L-氨基酸氧化酶只能催化L-氨基酸氧化，而对D-氨基酸无作用。 （2）几何异构专一性: 反丁烯二酸水化酶只催化反丁烯二酸生成苹果酸 三、构象与三维结构 构象：在有机化合物分子中，由于分子中C—C单键自由旋转而形成的原子或基团在空间排列的多种形态称为构象。构象的改变是由于单键的旋转而产生的, 不需有共价键的变化(断裂或形成), 但涉及到氢键等次级键的改变。 研究构象的方法 X-射线衍射技术：只能用于测定晶体的结构。（1）光源不是可见光而是波长很短的X-射线（?=0.154nm）（2）经物体散射后的衍射波，直接得到的是一张衍射图案。衍射图案需用数学方法（如电子计算机）进行重组，绘出电子密度图，从中构建出三维分子图像——三维分子结构模型。 核磁共振光谱法可以测定生物分子在溶液中的三维结构信息。 知识链接 核磁共振(NMR)是电磁波（无线电波）与原子核自旋相互作用的一种基本物理现象。NMR 波谱学具有最高的频率分辨率。近年来越来越多的化学家、生物学家和医学家涉足其中。 目前生物NMR波谱学研究的前沿领域包括： 1. 生物分子三维结构的NMR测定方法和应用 2. 生物分子相互作用、动力学及其与功能的关系研究方法和应用 3. 基于NMR的代谢组学研究方法和应用 4. 生物组织的高分辨NMR分析方法和应用 中国科学技术大学生命科学学院核磁共振波谱实验室： 主要用多维核磁共振波谱及计算生物学研究与重大疾病或重要生 理功能相关的蛋白质结构,动力学与功能关系,以及蛋白质相互作用。 例题：科学家如何描述生物分子的构造？ 答：科学家分别用构型和构象描述生物分子的构造。 （1）用构型表现分子中的原子在空间的排布方式和相对位置。用构象表现分子中的原子的空间位置，反映分子的立体形态。 （2）生物分子在构型和构象上出现的异构现象，都源于生物分子是含碳化合物，构型源于碳原子的四个价键采取了四面体几何构型。当四个不同的基团连接到一个碳原子上，四个基团将在四面体的四角排列，这样将有两种不同的构型，彼此互为镜像，如同我们的左右手，可以对叠，但不能重合。连有四个不同的基团的这个碳原子是手性碳原子。构象源于C-C单键的旋转，C-C单键旋转使分子产生多个特定的形态，即多个构象异构。 （3）构型的转换必须有共价键的断裂和形成，只能通过化学反应发生。构象的转换通过C-C单键的旋转，但是分子的各种构象异构体并不是平均分布的，在室温下总是以具有最低能量的构象为主要的存在形式（优势构象）。优势构象往往具有最多的弱相互作用，因而是最稳定的。 四、生物结构中的非共价力 a.静电相互作用（也称离子键、盐键或盐桥）：是生物分子中带有电荷的基团之间的一种相互作用。 b. 氢键：与电负性大的原子X（氟、氯、氧、氮等）共价结合的氢，若与电负性大的原子Y（与X相同的也可以）接近，在X与Y之间以氢为媒介，生成X_H…Y形式的键。这种键称为氢键。 c. 范德华力:是存在于分子间的一种不具有方向性和饱和性，作用范围在几百个皮米之间的力，比氢键和离子键都弱 。它对物质的沸点、熔点、气化热、熔化热、溶解度、表面张