DGGE条带多样性指数等分析.doc

首先将JPG格式转换为TIF格式（根据自己的情况选择软件） 将TIF格式图片导入Quantity One（用打开命令即可） 点击Lane命令，出现下拉菜单，点击Frame Lanes （如果命令键为灰色，请下载补丁安装。） 在出现的对框中填入泳道数，点击OK，进行调整，使红色线条尽量在泳道的中间部位，整体拉动lane框架，还可以进行单独的调整，在lane命令下的single lane—adjust lane。 调整好lane后，点击band下的detect bands 出现下图 在软件右方位置，有如下对话框，可根据需要设置红色框区域的属性（包括密度、宽度等）。 调整好了，再根据实际情况，手动添加删除调动条带，采用褐色框的命令。（需要耐心） 5、调整好后，如下图（仅仅是假设图） 点击match下的match命令，会出现下图。 根据实际情况，采用match与unmatch调节自己的条带的迁移率的匹配度，这一步最关键，最需要耐心，匹配有问题，就用unmatch取消再进行match命令，心静就行。 match完成后，假如上图，即可导出一系列reports。 Repots很多，但计算多样性指数的为lane report，如下图选择一些指标，点击report。 依次点击红色框命令，保存txt到指定文件夹下，将txt文件里的数据复制粘贴到excel中，如下图： 将第一条泳道的average int进行求和，上图A列；用average int值比上A列计算的求和，得出B列数值；对B列数值求自然对数相反数值，得到C列；再将B与C列数值相乘，得到D列数值；最后将每一条泳道的D列值求和，即得到该条泳道的多样指数，通常用H表示。 丰富度（E）的计算很简单，即是数每条泳道有多少条带，如上表中，泳道一就有13条带数，所以丰度度为13. 均匀度（Eh）首先取丰度的自然对数值，再用多样性指数除以该对数值即可。 A B C D