常用生物软件(软件及引物设计)试题.ppt

1、限制酶分析 推荐软件： DNAssist 1.0 大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN……… NNNgaatt环状的序列就找不到EcoR I的位点，DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。 另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式，列出所有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列） 另外，Vector NTI 亦是一选择 2、引物设计 Oligo 6 （引物评价）* Primer Premier （自动搜索）* Vector NTI Suit （综合分析） Primer Express(实时定量PCR引物和探针设计) Omiga Dnastar Primer3 （在线服务）* 3、同源序列比较 NCBI的BLAST; ExPASy的Alignment GeneDoc 3.2 Clustal X Vector NTI Omiga，Bioxm ，LaserGene，pcgene等 4、质粒作图 Gene Construction Kit WinPlas 2.7 Plasmid Premier2.02 Plasmid Toolkit 5、结构域(motif)查找 推荐软件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的结构域查找功能与它的引物设计一样强，结果能以图形、表格、序列三种方式输出。同时还提供了一些未知的结构域的列表；当然软件本身也提供了大量的已知结构域的序列。 6、RNA二级结构预测? RNAdraw RNAStructure 7、 蛋白分析 软件 二级结构分析 ：Antheprot 4.5 三维结构显示 ：RasMol Cn3D 8、 格式转换 各种软件为了自己软件的需要有不同的格式，对我们使用数据带来了困难；格式转换软件能帮助用户解决这一问题。 推荐软件：Seqverter 1.3 使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。而且能够转换的格式非常之多是其它软件所无法比拟的。另外，它可在线升级以读写更多格式文件。 9、 电泳图谱分析 推荐软件：band leader 3.0 提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。 10、序列综合分析软件 pcgene BioEdit LaserGene DNASIS DNATools DNAclub Jellyfish Omiga Vector NTI Suite （Bioxm） 1、引物设计原则 引物长度 碱基分布的均衡性 Tm值 引物二级结构 引物3’端 引物5’端 引物的内部稳定性 自由能分布 概述 引物长度 一般引物的长度为15-30 bp，常用的长度为18-21bp。过长或过短都不合适，为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应，长度大于24 核苷的引物并不意味着更高的特异性，而且比短序列杂交慢，从而降低了产量。引物过短会引起错配现象，一般来说引物长度大于16bp是必要的（18bp的序列在人类基因组中只会出现一次）。 碱基分布的均衡性 同一碱基连续出现不应超过5个 GC含量一般40-60%，以45-55％为宜 GC含量太低导致引物Tm值较低，使用较低的退火温度不利于提高PCR的特异性 GC含量太高也易于引发非特异扩增。 引物Tm值 一般要求：55℃-65℃。 应尽可能保证上下游引物Tm值一致，一般差异控制在2 ℃以内。 （引物的退火温度相差小于5℃一般不会影响PCR的产率，理想情况下一对引物的退火温度是一样的，可以在55℃～80℃间变化，有说接近72℃为最佳） 上下游引物Tm值与产物Tm值一般应控制在20 ℃以内。 一般采用较低引物Tm值-5℃作为PCR退火温度。 引物二级结构 引物二聚体（引物间不应多于4个连续碱基的同源性或互补性 ） 尽可能避免两个引物分子之间3’端有有较多碱基互补 发夹结构（引物自身连续互补碱基不能大于3bp ） 尤其是要避免引物3’端形成发夹结构，否则将严重影响DNA聚合酶的延伸。 （两项结构的能值以不超过4.5为好，引物中间或5’端可适当放宽） 引物3’端 引物的延伸从3’端开始，因此3’端的几个碱基与模板DNA均需严格配对，不能进行任何修饰，否则不能进行有效的延伸，甚至导致PCR扩增完全失败。 引物3’端的碱基一般不用A（3’端碱基序列最好是G、C、CG、GC）。另外引物间3’端的互补、二聚体或发夹结构也可能导