线粒体基因组数据的分析方法和软件.pdfVIP

应用 昆虫学报 ChineseJournalofAppliedEntomology 2013，50(1)：298—304．DOI：10．7679／j．issn．2095—1353．2013．040 线粒体基因组数据的分析方法和软件 李雪娟 杨 婧 王俊红 任倩俐 李 霞 黄 原 (陕西师范大学生命科学学院 西安 710062) 摘 要 线粒体基因组的研究已经普及 ，其正确 的拼接和注释是所有后续研究的基础 。本文以StadenPackage软 件为主介绍了拼接和注释的线粒体基因组的方法，同时介绍了其他常用的拼接软件 ContigExpress、DNAMAN、 DNASTAR、BioEdit和 Sequencher，以及利用不 同软件 (包括 DOGMA、MOSAS、MITOS、GOBASE、OGRe、MitoZoa、 tRNAscan—SE、ARWEN、BLAST和 MiTFi等)对线粒体基 因组 中的蛋 白质编码基 因、rRNA、tRNA和 A+T富集 区进 行注释的方法，最后介绍了利用MEGA5软件分析线粒体基因组的组成、Sequin软件提交序列和线粒体基因组数 据绘 图工具 (CGview、MTviz和 OGDRAW)。 关键词 线粒体基 因组，拼接 ，注释 M ethodsandsoftwaretoolsform it0ch0ndrialgenome assemblyand annotation LIXue-Juan YANGJing WANGJun—Hong RENQian-Li LIXia HUANGYuan (SchoolofLifeSciences，ShaanxiNormalUniversity，Xi’an 710062，China) Abstract W ith the increasing popularity ofmitochondrialgenome studies，the correctassembly and annotation of genomesarethebasisofallsubsequentresearch intoaspecies．HerewedescribetheprotocolsusingStadenPackage softwareto assemble and annotate the mitochondrialgenome， along with other commonly used software， such as ContigExpress，DNAMAN，DNASTAR，BioEditandSequencher．In addition，methodsfortheuseofdifierentsoftware packages(includingDOGMA、MOSAS、MITOS、GOBASE、OGRe、MitoZoa、tRNAscan—SE、ARWEN、BLASTandMiTFi)to annotatemitochondrialgenomicprotein—codinggenes，rRNA，tRNA andtheA +T regionarebrieflyintroduced．Finally ． applicationofMEGA5 softwaretoanalyzethecompositionofmitochondfialgenomes，Sequinsoftwaretosubmitsequences toGenBank，andmitochondrialgenomedatavisualizationtools (CG view、MTvizandOGDRAW )arealsobriefly introduced． Keywords mitoehondrialgenome，assembly，annotation 和在线服