第05讲序列比对解说.pptVIP

* BIOINFORMATICS * 4. 序列比对的主要用途 1. 用于系统发育分析 (phylogenetic analysis) 通过序列比对，可以寻找序列间的同源性(相似性)，这种同源相似性是序列间进化关系的一种反映，所构建的数据矩阵成为系统发育分析的基础。 2. 结构预测 (structure prediction) 将新序列与已知结构的蛋白质序列进行比对，可以通过序列同源性来粗略地推测其结构的相似性。 * BIOINFORMATICS * 3. 序列基序鉴定 (sequence motif identification) 局部排列可以鉴定蛋白质和核苷酸序列中潜在的序列和功能基序。 4. 功能预测（function prediction) 蛋白质序列间的高度相似性通常意味着同源序列间的功能相似性。 5. 数据库搜索(database search) * 在分子生物学中，DNA或蛋白质的相似性是多方面的，可能是核酸或氨基酸序列的相似，可能是结构的相似，也可能是功能的相似。研究序列相似性的目的之一是，通过相似的序列得到相似的结构或相似的功能。 * What you want to learn when evaluating an alignment is whether it is random or meaningful. If