PyMOL使用入门.doc

生物大分子三维结构显示技术讲义 PyMOL使用入门 耿存亮 gengcunliang@ 2012年10月09日 PyMOL简介 PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。 PyMOL官网是http://www.PyMOL.org/，发展历史和软件更新动态可在此查询。 PyMOL的学习网站是http://www.PyMOL/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必上网站，其实这一个也就够了。 PyMOL入门 模式显示及颜色显示 PyMOL既可以鼠标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多鼠标难以完成的任务。下面就以实例来认识一下PyMOL。 打开PyMOL软件后，首先要特别注意的是当前工作路径。 在命令框输入命令并回车 pwd 即可显示当前工作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。一般不把文件保存在安装路径下，所以需修改当前工作路径，而且路径不能有汉字， 比如改为D盘，输入命令并回车 cd d: 再用pwd命令查看一下当前工作路径。如下图所示： pwd: print working direction cd: change direction 命令很方便很简单很神奇吧O(∩_∩)O~ 其次要注意的是保证鼠标是三键式的，滚轮可用作中键。如果像苹果机一样只有一个按键或没有中键的话，还是赶紧换个鼠标吧。 好了，现在下载一个PDB文件，如何下载呢？ 当然可以去PDB网站/pdb/home/home.do下载，但是打开网页多麻烦啊，如果能用PyMOL直接下载该多好啊，那就试一试fetch命令吧！ 下载纤维素外切酶CBHI和纤维素糖链的复合物晶体结构，PDB号是7cel，输入命令 fetch 7cel 稍等片刻，就会下载完毕并显示如下： 刚才说到三键式鼠标，那么三个键都有什么用呢？ 按住左键滑动会旋转结构（rotate），按住中键滑动会移动结构（move），按住右键滑动会缩放结构（move zoom）。 这个不用记，多按几下就熟了，实在忘了在右下角有提示的，如下图 下载打开7cel 的pdb文件后，在all小框下面会出现7cel小框，后面还跟着几个按键ASHLC，这几个按键后面会一点点介绍。先左键点击一下7cel小框，会发现结构消失了，被点击的小框也变暗了，这就是隐藏功能，再点击一下就会恢复，如下图所示 看到恢复后的结构你一定感到一团糟吧，这都神马呀！ 上过王禄山老师的课后，应该清楚PDB文件就是具有一定格式的文本文档，里面记录着每个原子的三维坐标值，不信的话可用记事本打开PDB文件看一看。PyMOL所谓的结构显示就是读取每个原子的三维坐标，然后用一个点（球）来显示出来，原子之间的化学键用线表示。当然还可以用其他模式的显示，比如大家很熟悉的螺旋飘带模型，在PyMOL中叫cartoon模式，输入命令并回车 as cartoon 看着熟悉的α螺旋和β折叠，是不是感觉清爽多了？ 刚才的操作也可用鼠标完成，如下图所示 点击7cel小框中的S按键，然后再点击cartoon或者lines、sticks、ribbon等等。假如点击了lines，你会发现一团糟的结构又回来了，而cartoon模式没有消失。是的，这就是show和as的不同，show是指显示一种或多种模式，而as是指只显示为一种模式。as该点击哪里呢？仔细看一下上图就明了了。同时你也可能明白了S按键是Show的意思。 命令显示多种模式 show lines show sticks show ribbon 怎么隐藏不想显示的模式呢？ H按键就能办到，H是Hide的意思。点击H中的相应模式，就能使其隐藏。当然了命令也能办到，比如隐藏lines模式 hide lines 好了，现在输入 as cartoon 只显示cartoon模式，蛋白的三级结构显示地很清楚，二级结构中的α螺旋、β折叠和无规则卷曲也很清楚地显示了。 咦？怎么蛋白是绿色的？难道蛋白真的是绿色的吗？蛋白到底是什么颜色我不清楚，这里显示的颜色是软件设置的默认颜色，既然是软件设置，那么当然可以改成其他颜色。这就要用到C按键，C是Color的意思。 点击C按键你会看到下图所示的工具框，其中by element指按元素类型着色，by chain按肽链着色，by ss按二级结构着色（secondary structure），spectrum是指渐变色，还有red、green等等各种颜色。 点击一下by ss，你会发现α螺旋、β折叠和无规则卷曲显示成了不同的颜色，这样显示整个结构是不是更清楚了。