针对短测序片段的基因序列拼接算法.pdfVIP

2012年 5月 计算机工程与设计 Mav2012 第 33卷 第5期 COM PUTER ENGINEERING AND DESIGN Vol_33 No．5 针对短测序片段的基因序列拼接算法 郭 佳 ，杨云麟 (四川大学 计算机学院，四川 成都 610065) 摘 要：为了获得高效的拼接结果，针对新测序技术产生的较短测序片段，提出了通过对测序片段编码，将其映射到能够 快速查找的自定义表 中，结合高效位并行字符串模糊匹配算法——BPM，从 自定义表 中寻找较长连通路径的方法，实现了 对短测序片段的快速拼接。实验结果表明，该算法针对 500M的高质量源数据，在耗时 136s的情况下，准确度可达 79 ， 覆盖度可达82 ；针对错误率为0．1 的500M 源数据，在耗时 150s的情况下，准确度可达72 ，覆盖度可达 73 。在短 时间内较好的完成 了拼接任务 。 关键词：短测序片段 ；快速查找表 ；四进制整数 ；BPM (位并行