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blast相似序列的数据库搜索
实习 4 ： BLAST相似序列的数据库搜索
学号 20090**** 姓名 ****** 专业年级 生命生技****
实验时间 2012.6.19 提交报告时间 2012.6.20
实验目的：
学习使用BLAST在数据库中搜索相似序列
实验内容：
使用NCBI上面的BLAST程序进行相似性序列搜索：
把核酸序列利用BLASTN搜索相似核酸序列；
把蛋白质序列对应的蛋白质利用BLASTP搜索相似蛋白质序列；
把核酸序列利用BLAST搜索相似蛋白质序列并与BLASTP比较，体会差异：
把蛋白质序列利用TBLASTN搜索相似核酸序列并与BLASTN比较，体会差异：
把核酸序列利用TBLASTX搜索相似核酸序列并与BLASTN比较，体会差异。
作业：
1. 找一条你感兴趣的核酸序列（可以是前面搜索到的同源核酸序列中任意一条），通过BLASTN搜索NR数据库，说明你的参数如何设置，分析搜索结果包含哪些信息。
答：使用的序列为：智人胰岛素（INS）gi|297374822|ref|NM_001185098.1| Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 3, mRNA。
Algorithm parameters设置如下：
参数：
Enter Query Sequence——NM_001185098
Choose Search Set——Database: Nucleoctide collection(nr); Exclude: √Models(XM/XP),√Uncultured/environmental ample sequences
Program Selection——Optimize fot: Highly similar sequences
展开“Algorithm parameters”，依次设置：
General Parameters——Max target sequence：100; Short queries：√ ; Expect threshold：10;Word size：28; Max matches in a query range:0
Scoring Parameters——Matrix/Mismatch Scores:1,-2; Gap Costs: Linear
Filters and Masking——Filter: √Low complexity regions; √Mask: mask for lookup table only
搜索结果分析：
使用智人胰岛素（INS）gi|297374822|ref|NM_001185098.1| Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 3, mRNA搜索NR数据库，搜索出100条符合条件的序列，序列来自的物种包括了Homo sapiens，Pan troglodytes，Gorilla gorilla，Pongo abelii，Pongo pygmaeus，Mus musculus等，其中根据得分高低排列，前7条序列如下所示：
NM_001185098.1 Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 3, mRNA
NM_001185097.1 Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 2, mRNA
NM_000207.2 Homo sapiens insulin (INS), transcript variant 1, mRNA
NG_007114.1 Homo sapiens insulin (INS), RefSeqGene on chromosome
AC132217.15 Homo sapiens chromosome 11, clone RP11-889I17, complete sequence
BC005255.1 Homo sapiens insulin, mRNA
J00265.1 Human insulin gene, complete cds
上述序列的“Max ident”均为100%或99%，且E-Value值很低，可见搜索出来的序列与QUERY序列匹配的相似度很高。
2. 将上题中核酸序列对应的蛋白质序列，分别进行BLASTP和PSI-BLAST搜索，说明你的参数设置，简明操作步骤，分析搜索结果，体会PSI－BLAST的优势。
答：对应的蛋白质序列为：
gi|297374823|ref|NP_001172027.1| insulin prep
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