第一节 蛋白质的结构和功能2014分析.ppt

顺序和功能基序以及模体可以用于识别具有相似生物化学 功能的蛋白质 连续基序 一致序列 功能 Walker(P环) [A/G]XXXGK[S/T] 结合ATP或GTP 锌指 CX2-4CX12HX3-5H 在DNA结合域中结合锌 骨粘连蛋白 CX[D/N]XXCXXG[K/R/H] 结合钙和胶原蛋白 XCX6-7PXCXCX3-5CP DEAD盒解旋酶 XXDEAD[R/K/E/N]X 依赖ATP的RNA解旋 MARCKS GQENGNV[K/R] PKC的底物 肌集钙蛋白 [E/Q][D/E]GL[D/N]FPXYDGXDRV 结合钙 寻找各种基序的数据库PROSITE 3.从顺序推测功能 40%法则 酵母基因组编码蛋白功能分析 4.研究蛋白质功能的实验手段 DNA微阵列 2-D电泳 基因敲除或转基因 蛋白定位：免疫荧光、GFP-融合蛋白 蛋白相互作用：酵母双杂交、免疫沉淀、GST-pull down 表面等离子共振技术：检测配体结合 5.同源建模 通过和一个已知的同源序列（从同一个祖先演化而来的蛋白质）的结构进行对比，为一个未知蛋白产生一个合理的近似结构。 6.从顺序到结构 序列和其他蛋白没有明显的一致性情况下，从序列推断蛋白结构：profile-based threading法 Rosetta法 7.确定结合位点的策略 计算：依据结合位点的特征，比如凹陷、口袋、高于平均的疏水面积等设计计算方程，计算模拟探针和候选位点的能量，来确定结合位点的可能。GRID法（右图）MCSS法。 正电 负电 非极性 多重溶剂晶体结构（MSCS）实验法确定结合位点 晶体成像技术，确定在能量上有利的结合位点以及小分子有机物在蛋白质表面的结合取向。 8.确定催化残基的策略 通过定点诱变，标准方法是丙氨酸扫描突变 通过几何结构计算来识别：模糊功能形式基于几何结构、残基性质和活性位点构象 模拟配体的对接程序：以被用来进行药物开发时新化合物的寻找 丝氨酸蛋白酶催化三联体的几何布局。 ９.一种结构，多种功能 相似的序列，相同结构，却具有不同的功能。同为TIM桶结构的扁桃酸消旋酶（上）和黏康酸内脂酶（下）催化不同的化学反应。 锌指基序常在DNA结合蛋白中发现，但同时存在结合RNA的锌指以及介导蛋白-蛋白相互作用的锌指。 10.多种功能，一种结构 一个酶通常具有结合位点和催化位点，这两个位点至少有一点是常常不同的，因此容易出现催化位点相同，结合位点不同的情况，产生具有不同底物特异性 但是执行相同催化反应的酶 趋异进化：发生在同一蛋白支架 趋同进化：发生在不同蛋白支架 11.变色龙序列：一各序列，多种结构 某些序列具有根据环境改变折叠方式的趋势，这些序列被称为变色龙序列 变色龙序列（LITTAHA）在环式糊精糖转移酶（螺旋）和半乳糖苷酶（折叠）中的不同构象 12.从序列到功能研究的案例 案例1：半乳糖酸脱水酶 未知功能的E coli基因组序列上的开放读框 编码蛋白质f587 多重序列对位排列 结果显示与烯醇酶超家族成员MR/MLE/烯醇酶具有序列上的相似性（26%），含有必需的金属离子配体，活性位点具有保守的氨基酸 底物和催化的总体反应？ f587是组成单个操纵子的一个5个可读框的第4个，而且已知其他可读框编码与半乳糖代谢有关的蛋白质，由其他四个蛋白既定功能推断出f587为半乳糖酸脱水酶 纯化蛋白质进行半乳糖脱水酶功能的验证 晶体结构显示f587和MR/MLE具有相同的结构 案例2：从零开始，一个功能未知的基因产物 芽殖酵母基因YBL036c编码257个氨基酸的蛋白质，功能完全未知 DNA序列同源性比对，200个显著相似，来自生物中的每个界，但都功能未知 纯化结晶体x射线测定三维结构为磷酸丙糖异构酶α/β桶 结构比对，和细菌丙氨酸消旋酶大域相似性最大 纯化蛋白质测活，没有丙氨酸消旋酶活性 定位：无定位信号，GFP融合蛋白发现分布于整个细胞 相互作用蛋白：酵母双杂交发现了一个相互作用蛋白，但功能未知 表达谱，所有细胞周期和生长条件均表达，大体上和氨基酸代谢有关蛋白质相似 基因敲除：存活且无生长缺陷，孢子细胞壁结构异常 名词