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  • 2017-04-04 发布于江苏
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swiss-model的使用

SWISS-MODEL 同源建模的方法 SWISS-MODEL同源建模简介 SWISS-MODEL 是一个自动化的蛋白质比较建模服务器,该服务器提供用户三种模式可选择: Automatic mode(简捷模式): 用于建模的氨基酸序列或是Swiss-Prot/TrEMBL (/sprot )编目号(accession)可以直接通过web界面提交。服务器会完全自动地为目标序列建立模型。 用户可以选择指定模板结构,模板可以来自由PDB数据库( )抽取得到的内建模板库,也可以上传PDB格式的坐标文件。 Alignment mode(联配模式): 这个模式需要多序列联配的结果,序列中至少包括目标序列和模板(最多可输入5条序列)。服务器会基于比对结果建模。用户需要指明哪一条序列作为目标序列,哪一条又作为模板。 Project mode(项目模式): 这种模式允许用户提交经过手工优化的请求给服务器。DeepView被用来建立一个项目文件,它包含了模板结构,以及目标序列与模板的联配结果。这个结果也要上传到服务器。这种方式提供对建模过程中细 SWISS-MODEL网页界面 提交以后会出现 反馈的结果也可以在myWorkspace?中查看,自己的邮箱是用户名,邮件里边有password? 预测的三维结构 SWISS-MODEL网页界面 接着会出现下面的界面 出现的结果 * * 我们选择简捷模式 填写正确的邮箱,会有邮件 输入蛋白质序列 在线显示的有的时候速度有点慢,耐心等待 Ps:珍惜劳动成果。这可是等了一个小时的成果 可以把结果保存下来 我们再选择联配模式

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