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第2章 细胞内生物分子相互作用概述 2.1 生物活性物质的本质 2.2生物大分子间相互作用的化学力 2.3生物大分子的自我组装 2.4生物大分子的相互作用 2.1 生物活性物质的本质 生物体是由生物大分子等有机物构成的; 生物体能与环境不断地交换物质与能量; 所有生物大分子共同存在于细胞环境中; 生物体能进行自我更新. 生物大分子的化学本质与特性 无论是原核生物还是真核生物,对一个生命体来说,均由蛋白质,核酸,糖类等生物大分子和一些小分子化合物及无机盐等这些化学成分组成。 生物大分子中的单体既是结构单位,又可作为许多重要组分的前体.尤其是单糖,脂肪酸及氨基酸也是沟通机体中间代谢的重要桥梁,它们沿不同而又相互连接的代谢途径渐次降解,并汇集到共同产物,如α-酮戊二酸,草酰乙酸,最终进入呼吸链成为二氧化碳和水,在着一过程中伴随能量的释放。 DNA是生物体中原初的遗传物质.DNA通过自我复制把遗传信息传给子代,然后经转录使特定基因的遗传信息转换成相应的mRNA ,后者以一定的顺序将氨基酸连接成特定的多肽,多肽在分子伴侣的协助下折叠成具有生物活性的蛋白质.蛋白质是遗传信息表达的最终产物,而核酸和蛋白质合成则是生物体在其生命活动中遗传信息流动的主要途径,它存在于生命的全过程。因此,实现信息流动的基础是核酸与蛋白质的高聚合物特性。 Cells and macromolecules 2.2生物大分子间相互作用的化学力 2.3生物大分子的自我组装 自我组装是组成大分子的结构单位(单体或亚基)自发形成超分子结构(如核糖核蛋白体、病毒、膜或多酶系统)的装配过程。 功能相似分子的组装 同类生物分子的组装 异类生物分子的组装 生物大分子的结构层次 构型(configuration )是一个分子中各原子都具有的各自固定的空间排列,使分子能以立体化学的形式区分开。 构象(conformation)指分子的共价结构不变,在单键时周围原子旋转所产生的原子空间结构。 蛋白质分子的结构包括一级结构、二级结构、三级结构和四级结构,核酸分子结构只具有一级、二级和超螺旋的三级结构。 。 一级结构:组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。 二级结构:依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构,主要为α螺旋和β折叠。 三级结构:通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋白质分子的三维结构。 四级结构:用于描述由不同多肽链(亚基)间相互作用形成具有功能的蛋白质复合物分子。 生物大分子的相互作用 DNA-蛋白质相互作用(DNA-protein interaction) 蛋白质-蛋白质的相互作用(protein-protein interaction) 糖-蛋白质的相互作用 脂-蛋白质的相互作用 DNA-蛋白质相互作用(DNA-protein interaction) 一、 DNA-蛋白质相互作用的化学键 1、氢键:具有识别功能蛋白质的螺旋结构常与DNA的大沟相互作用。 2、疏水键:暴露于大沟侧缘的T-CH3基团是疏水性的,可与疏水氨基酸残基侧链相互作用。 3、离子键:? 二、DNA-蛋白质相互作用中的序列特异性 1、序列特异识别的结合能:依赖两种类型的相互作用。一是多肽链与DNA大沟暴露的碱基之间通过氢键和范德华力建立的联系;二是多肽链中的碱性氨基酸与戊糖-磷酸骨架之间 的电荷联系。 2、序列特异结合的结构基元:螺旋-转角-螺旋(helix-turn-helix HTH),锌指结构(zinc finger motif) 蛋白质-蛋白质的相互作用(protein-protein interaction) 蛋白质通过分子之间的相互作用实现其特异的生物学功能。如蛋白质酶的催化作用需要酶与特异作用物之间的相互识别、结合成中间复合物;抗体参与的防御功能需要抗体与抗原之间的特异识别 与结合。 HTH基元:最初发现于λ噬菌体的阻遏蛋白中,现发现在很多原核及真核DNA结合蛋白中存在。由两个较短的α螺旋与其间含Gly残基的绞链组成。如大肠杆菌的CAP蛋白含一HTH结构域,HTH通过DNA双螺旋大沟识别、结合反向重复序列TGTG/CACA。 蛋白质的基元(motif)与结构域 由α螺旋和β片层参与的特定组合称为基元或模体。 常见模体有: β发夹:由位于同一层面内的两条反向平行β折叠链与一股环形肽链连接而成。 β拱形:由位于不同层面内相对的两条β折叠链共价连接一个环拱结构组成。 β-α-β模体:由两个相邻的平行β折叠通过一定长度的α螺旋连接在一起 α-α模体: * * 核酸,蛋白质和多糖是主要的生物大分子 Prokaryotic cell Eukaryotic cell Protein DNA RNA 在生物大分子之间主要存在的非共价的相互作
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