习题课_20101021教学.pptVIP

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2017-04-05 发布于北京
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习题课_20101021教学.ppt

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* * * * * * * 2.5 利用Needleman和Wunsch动态规划算法，为以下两条序列建立部分比对打分表，打分参数如下：匹配得分=+1，失配得分=0，空位罚分=-1。 ACAGTCGAACG ACCGTCCG 最优全局比对为： ACAGTCGAACG ACCGTC - - - CG 3 4 5 3 -1 2.6 使用与问题2.5相同的打分参数，通过改进的Needleman与Wunsch算法为问题2.5中的两条序列计算最优的准全局比对。 ACAGTCGAACG ACCGTCCG 最优准全局比对为： ACAGTCGAACG ACCGTCCG- - - 5 5 5 2.7 利用Smith-Waterman算法，为以下两条序列的局部比对建立部分比对打分表： ACGTATCGCGTATA GATGCTCTCGGAAA 局部比对为：TCGCGT ATA TCTCGGAAA 4.3 画出相应于标准Newick格式(((A,B)C)(D,E))F的系统发生树。 A B C D E F 4.4 画出4个物种ABCD所有可能的无根树和有根树 A B C D A B D C A C B D A C D B A D B C A D C B 有根树 B C A D B C D A B D A C B D C A C D A B C D B A 有根树 A B C D A C B D A D B C 有根树 A B C D A C B D A D B C 4.5 在8个物种所有可能的有跟系统发生树中，随机抽取一棵树是反映真实关系的树的可能性是多少？从这些无中所有可能的无根系统发生树中，随机选择一刻正确的树的可能性比前一种情况是大还是小？有根数：NR=(2×8-3)!/28-2(8-2)! = 135135 可能性：PR=1/135135 无根树：NU=(2×8-5)!/28-3(8-3)! = 10395 可能性：PU=1/10395 PU/PR =13 4.8 用UPGMA重建系统发生树，距离矩阵如下：物种 A B C D B 3 - - - C 6 5 - - D 9 9 10 - E 12 11 13 9 物种 A B C D B 3 - - - C 6 5 - - D 9 9 10 - E 12 11 13 9 物种 AB C D C 5.5 - - D 9 10 - E 11.5 13 9 最小物种 AB C D C 5.5 - - D 9 10 - E 11.5 13 9 最小物种 ABC D D 9.5 - E 12.25 9 物种 ABC D D 9.5 - E 12.25 9 最小 A B C D E 4.9 用问题4.8提供的同一个距离矩阵，并且假设物种D是外部参考物种，用距离变换法重建系统发生树。物种 A B C D B 3 - - - C 6 5 - - D 9 9 10 - E 12 11 13 9 物种 A B C D B 3 - - - C 6 5 - - D 9 9 10 - E 12 11 13 9 物种 A B C B 1.75 - C 2.75 2.25 - E 6.25 5.75 6.25 物种 A B C B 1.75 - C 2.75 2.25 - E 6.25 5.75 6.25 最小物种 AB C C 2.5 - E 6 6.25 最小 A B C E D 4.10 用问题4.8提供的同一个距离矩阵，并且假设物种E是外部参考物种，用距离变换法重建系统发生树。物种 A B C D B 3 - - - C 6 5 - - D 9 9 10 - E 12 11 13 9 物种 A B C D B 3 - - - C 6 5 - - D 9 9 10 - E 12 11 13 9 物种 A B C B 1.25 - C 1.75 1.75 - D 5.25 5.75 5.25 物种 A B C B 1.25 - C 1.75 1.75 - D 5.25 5.75 5.25 最小物种 AB C C 1.75 - D 5.5 5.25 最小 A B C D E 5.1 下面的比对中哪些位点在简约分析中是信息位点？有多少位点是不变位点？ 1. GAATGCTGAT ATTCCATAAG TCACGAGTCA AAAGTACTCG 2. GGATGGTGAT ACTTCGTAAG TCCCGAGTCG AAAGTACTCG