生物物理学导论-06指导.pptVIP

第四章 分子的相互作用和生物学 （第一讲） 4.1 相互作用力和能量 在第三章里我们看到了生物系统结构的重要性。我们讨论了测量分子一级和高级结构的方法，并且已经看到生物大分子的结构是如何构成它们在生物系统中功能的基础。 这一章我们将讨论分子里的原子之间和分子本身之间的力是如何决定着它们的结构的问题。 1. 相互作用能 分子物理化学描述了许多种类的力，例如电子交换力、共振力、偶极力、极化力和范德瓦尔斯力等。 这些名称描述了这些力赖以起作用的条件，在所有情况下，力的类型却是相同的，都属于原子内的带电基本粒子之间的静电作用力，它们是由库仑定律来描述。 运动电荷之间的电磁力太弱，以至于难以解释所讨论的那些结构的形成。 施于象原子或分子这样的小物体上的力是不能直接测量的，但是我们可以测量能量。 例如，通过测量使键断裂所需的能量来计量两个原于结合在一起的能量。 如果两个原子相互吸引，那么它们的相互作用就代表着一定数量的势能，当原子与原子互相接近到吸引力与排斥力相平衡的距离时，这个势能达到最小值。 NaCl蒸汽的分子里Na+和Cl- 之间的离子键就是一例。在结晶的氯化钠中，由于在这种稳定的排列中出现的是Na+和Cl-离子的三维晶体结构，所以不能说NaCl分子。 当两种离子之间的库仑吸引力被它们的原子核之间的排斥力平衡的时候，势能曲线出现最小值。 能量单位与换算 键的能量是分开原子系统的势能与结合原子系统的势能之差，习惯上总是令分开无限大距离的双原子系统的势能为零，于是结合能是负的。 能量不同于力，它是可以测量的量，因此研究用能比研究用力更有意义。 用尔格或每个粒子的电子伏表示能量，或者为了与化学家一致而用每克分子的卡表示能量。 2. 强相互作用和弱相互作用 区分强相互作用还是弱相互作用的标准是热运动瓦解相互作用的程度。 平均热能是kT，其中k是波尔兹经常数，T是绝对温度(以开尔文分度表示)。在体温(310K)下，该平均热能的数量级是2.5?10-2电子伏／粒子(约0.6大卡／克分子)。 强相互作用有比kT大许多倍的数值，因此它不可能被热运动所瓦解，生物大分子的一级结构就是由这种强相互作用决定的。 弱相互作用决定了高级结构，它和kT同数量级，当分子受热时，这些弱相互作将首先瓦解，并以四级、三级和二级结构这样的顺序丧失分子的高级结构。 4.2 弱相互作用 原子之间或分子之间的弱相互作用，使波意耳气体定律和盖-吕萨克气体定律失效，并导致了范德瓦尔斯方程。 1. 偶极子 对负电荷或电子亲合性不同的两个原子之间的键总是产生一个偶极矩。 一个典型的例子是O-H键，氧原子的电负性把电子从氢原子拉向氧，结果形成一个这样的系统：在系统中两个符号相反大小相等的电荷分开一个距离， O-H链的偶极矩是1.60 D 1D(1德拜)=10-18 esu cm, esu为静电单位电量 水 水由一个氧原子和两个氢原子参加的两个O-H键组成。水的偶极矩是1.85D。这意味着两个O-H键必须彼此间形成一个105o的夹角，只有这样才能矢量相加产生一个和测定位相同的总偶极矩 几种化学物质的偶极矩 分子的偶极矩给出关于（1）键永久极化的程度，（2）原子的几何关系；特别是它们之间的角度的信息。 偶极相互作用 在偶极子中，离子链里两个离子的相互作用能与离子间距离的一次方成反比。 偶极子通过库仑力与电场作用，作用的结果趋向于使偶极子沿电场方向取向。 如果电场是从一个点电荷q发出，则可以用库仑定律计算作用在取向偶极子上的力，这时假定点电荷与偶极于之间的距离比偶极子的两个电荷分开的距离大得多。 根据这样的计算得到：这种类型的离子—偶极子结合的能量与距离的平方成反比。 偶极子-偶极子相互作用 第一水合壳层中K+离子和水分子间的距离是2.73埃，水偶极子的偶极矩是1.85D，利用这两个数据我们可以算出K+离子的第一水合壳层的结合能大约为17大卡／克分子。 这个数植是同样距离的(一价)阴离子-阳离子键的能量的15%左右。因此，象K+这样的一价离子的水是不大会被热运动破坏的；至少第一水合壳层不会破坏。 由于结合能随距离的平方减小，所以在三个或四个分子层以外的离子施于水偶极子的取向力必然会变得相当无效。最里面的几个水合壳层外面偶极子-偶极子相互作用的贡献是使结合能减小。偶极子-偶极子作用随着偶极子距离的三次方减小。 永久偶极子 永久偶极子的特征：在永久偶极子中电正性的原子与电负性的原子结合在一起，正负电荷之间形成固定的位移。 诱导偶极子的特征：所有分子放在电场里时，它们都会由于其中的正负电荷的相对位移而变成偶极子。这种诱导偶极子的大小取决于分子的极化率α。 诱导偶极子的相互作用是一种二级效应；当偶极子由点电荷的电场所引起时，作用能很容易计算，它正比于距离倒数的四次方。偶极子-诱导偶极