RNAseq定量方案探索.docVIP

福建农林大学基因组与生物技术研究中心整理 2013-12-31  PAGE \* MERGEFORMAT 11 RNAseq定量分析方案 TOC \o 1-2 \h \u  HYPERLINK \l _Toc21609 RNAseq定量分析方案  PAGEREF _Toc21609 1  HYPERLINK \l _Toc3395 一、实验目的：  PAGEREF _Toc3395 2  HYPERLINK \l _Toc24339 二、实验大致流程  PAGEREF _Toc24339 2  HYPERLINK \l _Toc376 三、实验前的准备活动  PAGEREF _Toc376 2  HYPERLINK \l _Toc27644 3.1准备数据  PAGEREF _Toc27644 2  HYPERLINK \l _Toc11208 3.2确定涉及软件是否安装完毕，及其输入输出文件。  PAGEREF _Toc11208 3  HYPERLINK \l _Toc20745 四、实验过程  PAGEREF _Toc20745 4  HYPERLINK \l _Toc19270 4.1.利用bowtie2-bulid命令根据提供的参考基因组序列建立对应的索引文件。  PAGEREF _Toc19270 5  HYPERLINK \l _Toc5822 4.2.利用tophat命令将分别将代比较的reads maping到参考基因组序列上  PAGEREF _Toc5822 6  HYPERLINK \l _Toc23866 4.3利用cufflinks软件分别将待测样品的转录组reads拼接起来，并同时计算每个样品各个基因的rpkm值  PAGEREF _Toc23866 7  HYPERLINK \l _Toc18638 4.4.利用coffmerge和cuffdiff软件计算每个样品各个基因的fpkm值。  PAGEREF _Toc18638 8  HYPERLINK \l _Toc23529 五．利用R软件查看结果文件。  PAGEREF _Toc23529 10  一、实验目的： 利用已有的水稻基因组数据对来自两棵不同的水稻进行转录组水平差异的研究。 二、实验大致流程 利用bowtie2-bulid命令根据提供的参考基因组序列建立对应的索引文件 利用tophat命令将分别将代比较的reads maping到参考基因组序列上 利用cufflinks软件分别将待测样品的转录组reads拼接起来，计算每个样品各个基因的fpkm值 利用coffmerge和cuffdiff软件计算每个样品各个基因的fpkm值。 利用R软件查看比较结果。 三、实验前的准备活动 3.1准备数据 像大多数生物实验一样，???生物信息学实验之前也是需要事先准备好“药品”和“仪器”，不然到了关键时刻也是一样会手忙脚乱的。现在我们先来谈一谈生物信息实验需要准备的“药品”—数据。对于RNAseq实验而言，这里至少需要准备一下几个文件： 1.参考基因组序列文件 如 refrence.fa 参考基因组数据： 2.参考基因组注释文件 如 refrence.gtf a参考基因组序列设为refrence.fa b参考基因注释设为refrence.gtf F1_sample_R1.fastq 待比较样品F1： (为RNA测序数据) F1_sample_R1.fastq P1_sample_R1.fastq 待比较样品P2： (为RNA测序数据) P1_sample_L007_R2.fastq 3.2确定涉及软件是否安装完毕，及其输入输出文件。 通过上面的大致流程，我们知道，我们至少需要用到以下几个软件，查看你的系统是否安装了这些软件只需要直接输入这些命令就可以了： 1.bowtie2-build  HYPERLINK http://computing.bio.cam.ac.uk/local/doc/bowtie2.html http://computing.bio.cam.ac.uk/local/doc/bowtie2.html Usage: bowtie2-build [options]* reference_in bt2_index_base reference_in c