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第二章 生物信息数据库 1、模式生物 2、数据库 第二节 数据库 一、 引言 生物分子数据 高速增长 分子生物学 及相关领域研究人员 迅速获得最新实验数据 建立生物分子数据库 生物信息数据库几个明显的特征： （1）数据库的更新速度不断加快 数据量呈指数增长趋势 （2）数据库使用频率增长更快 （3）数据库的复杂程度不断增加 （4）数据库网络化 （5）面向应用 （6）先进的软硬件配置 分子生物信息数据库种类繁多。归纳起来，大体可以分为4个大类，即基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构数据库、生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库，以及由上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。 通常分法：序列数据库 结构数据库 生物信息 学数据库 工具 生物信息数据库 染色体 核酸 蛋白质 基因组图谱 DNA序列 蛋白质序列 蛋白质结构 基因组 数据库 核酸序列 数据库 蛋白质序列 数据库 蛋白质结构 数据库 二级数据库 复合数据库 基因组作图 序列测定 结构测定 国际著名的生物信息中心 NCBI National Center for Biotechnology Information (US) EBI European Bioinformatics Institute (EU) HGMP Human Genome Mapping Project Resource Centre (UK） ExPASy Expert of Protein Analysis System (Switzerland ) CMBI Centre of Molecular and Biomolecule (The Netherlands) ANGIS National Genome Information Service (Australia) NIG National Institute of Genetics (Japan) BIC National Bioinformatics Centre (Singapore) 国内生物信息资源 北大生物信息中心 中科院上海生物信息中心 华大基因 国家人类基因组北方研究中心 博奥芯片 序列数据库 --核酸序列数据库 国际上权威的核酸序列数据库 （1）欧洲分子生物学实验室的EMBL http://www.embl-heidelberg.de （2）美国生物技术信息中心的GenBank /Web/Genbank/index.html （3）日本遗传研究所的DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ GenBank DDBJ EMBL 三个数据库中的数据基本一致，仅在数据格式上有所差别，对于特定的查询，三个数据库的响应结果一样。 这三个数据库是综合性的DNA和RNA序列数据库，每条记录代表一个单独、连续、附有注释的DNA或RNA片段。 美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行； NCBI下子数据库 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务 日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。 一、GenBank数据库 GenBank（/genbank/）是一个综合数据库，该数据库中包含了已经公开的30万余种不同物种生物的核酸序列，这些数据主要来源于全世界不同实验室和大规模测序计划项目。 GenBank是具有目录和生物学注释的核酸序列综合数据库，由美国国家医学图书馆的国家生物技术信息中心构建、维护和管理。该中心位于美国马里兰国家健康研究所（NIH）。GenBank数据库的序列数据来源于序列发现者提交的序列、批量提交的表达序列标签（expressed sequence tag, EST）、基因组测序序列（genome survey sequence, GSS）和其他测序中心提供的高通量数据，还包括美国专利商标局提供的已发表专利的序列数据。 GenBank数据库每天与欧洲分子生物学实验室的核酸序列数据库（European Molecular Biology Laboratory Nucleotide Sequence Database，EMBL）和日本的DNA数据库（DNA Data Bank of Japan DDBJ）进行数据交换，以保证数据库内容