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STRUCTURE :TOOLS PREDICTION Zhu Hongwei, Cao Zhongzan, Ma Wenge, Zheng Aijuan BriefBrief IntroductionIntroduction LOGOLOGO 蛋白质三维结构的可视化工具 ? Swiss PDBViewer ? RasMol ? Cn3D 蛋白质三维结构预测 ? 蛋白质结构解析(X-Ray,NMR) ? homology modeling:SWISS-MODEL ? Threading ? 结构预测相关程序及数据库 YourYour companycompany sloganslogan Protein 3D Visualized Tools LOGOLOGO ??SwissSwiss PDBViewerPDBViewer ? 特点：界面友好、可同时分析几个PDB文件、可叠加起来 分析结构类似性… ? 可与Swiss-Model服务器连接，从软件直接连到Swiss- Model服务器进行理论蛋白立体结构构建。 YourYour companycompany sloganslogan Swiss PDBViewer LOGOLOGO ??SwissSwiss PDBViewerPDBViewer的主要功能的主要功能 ? 1、分析蛋白特别是具??催化作用的酶的活化位点、抗原决定 簇位点、蛋白的金属结合位点及蛋白间的相互作用位点； ? 2、创建一个loop； ? 3、通过应用non-crystallographic symmetries工具从只含有一 个蛋白单体的pdb文件构建一个对称的聚合体； ? 4、构建晶胞图形； ? 5、构建电子密度图形； YourYour companycompany sloganslogan Swiss PDBViewer LOGOLOGO ? 6、分析一个人为突变或认为重建一个loop后可进行最小能 量优化； ? 7、将肽段或残基与电子云图谱进行匹配； ? 8、可以通过Swiss PDBViewer的“SwissModel”进行蛋白质 三维结构建模； ? 9、查看Phi/Psi数据； ? 10、超级移动（即类似于fit的叠合）。 YourYour companycompany sloganslogan Swiss PDBViewer LOGOLOGO ? tips tricks ? OpenGL或POV-Ray程序也可以加工这些蛋白图形，使其 更加美观。 YourYour companycompany sloganslogan RasMolRasMol LOGOLOGO ??RasMolRasMol ? RasMol读取PDB格式文件，显示生物大分子三维结构图像 的软件； ? 系统的要求很低，应用广，可由Unix、Windows及 Macintosh 平台支持运行。 ? RasMol 最大的特点是界面简单，基本操作简单，运行非 常迅速。 YourYour companycompany sloganslogan RasMolRasMol LOGOLOGO ? 在Unix系统下，可以直接用命令的方式，如 RasMol 1a4h.pdb ? help 主题，help 主题， 亚主题来获得帮助，键入 会得到一份完整的命令清单。 ?