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生 物 信 息 学 Bioinformatics 巩晶 癌症研究中心 山东大学 医学院 2016.05.20;基本序列算法; 序列S：SDSDFSDFG 后缀=S1≤i≤n,Si+1,…,Sn n=length(S) 序列S：SDSDFSDFG = SDSDFSDFG$ 1: SDSDFSDFG$ 2: DSDFSDFG$ 3: SDFSDFG$ 4: DFSDFG$ 5: FSDFG$ 6: SDFG$ 7: DFG$ 8: FG$ 9: G$;字符串S：SDSDFSDFG 功能：1. 查找字符串s是否在字符串S中: 从树根开始，与s的字符逐一比对。s1: DFSD（在）; s2: SDFD （在不在？）;字符串S：SDSDFSDFG 功能：2. 找指定字符串s在字符串S中的重复次数：从树根开始，按照功能1的办法找到s，然后看s之后有几片树叶。s1: SD（3次）; s2: DF（？次，在哪里？） S D S D F S D F G 位置 1 2 3 4 5 6 7 8 9;字符串S：SDSDFSDFG 功能：3. 找字符串S中的最长重复子串：找到从树根到所有节点（非叶片）的子字符串，从中找到最长的。SDF;序列：SDSDFSD 1: SDSDFSD$ 2: DSDFSD$ 3: SDFSD$ 4: DFSD$ 5: FSD$ 6: SD$ 7: D$ 8: $ ;Input: 一个序列(a1,…,an)∈Rn Output: 一个子序列(ai,…,aj)，使得函数f(i, j)最大， f(i, j) = ∑ ah;生物学应用：（1）预测蛋白质序列跨膜区域。疏水氨基酸[0, 3]，亲水氨基酸[-5,0]。;生物学应用： （2）预测DNA序列中富含GC区域。G, C给正分；A,T给负分。;Na?ve算法：对于所有i≤j ∈ [1, n]，计算f(i, j) ，再找出最大值对应的(i, j)。 所有可能的(i, j)组合的数量，即计算f(i, j)的次数： n+(n-1)+(n-2)+…+1 = n*(n+1)/2 = O(n2) 计算一次f(i, j)所需的步骤：O(n) = Na?ve算法的总运算步骤为O(n3);编程基础第一部分;Linux 是什么？ ----- Linux是一个操作系统！; 可视化窗口操作 命令行操作;远程连接 Linux;;;;;;查命令，找“男人” 某个命令不会用，比如date，输入“man date”就会出现详细的命令说明。这个man是manual的简写。;目录与路径 几个常见的处理目录的命令： cd：切换目录 pwd：显示当前目录 mkdir：创建一个新的目录 rmdir：删除一个空的目录;;文件与目录管理 几个常见的命令： ls ：查看文件与目录 参数： -a : 全部的文件，连同隐藏文件（开头为.的文件）一起列出来 -A ：全部的文件，连同隐藏文件，但不包括.与..这两个目录 -l ：列出文件的详细信息，包括属性、权限、文件大小、日期等 -hl ：等同于-l，只是文件大小以人类较易读的方式（GB，KB等）列出来 -R ：连同子目录内容一起列出来，等于该目录下的所有文件都会显示出来 -S ：以文件容量大小排序，ls默认以文件名排序 -t ：以时间排序 ……;文件与目录管理 几个常见的命令： cp ：复制 参数： -i ：若目标文件已经存在，在覆盖时会先询问操作的进行 -r ：用于复制整个文件夹（包括文件夹里的内容） rm ：删除 参数： -i ：若目标文件已经存在，在删除时会先询问操作的进行 -r ：用于删除整个文件夹（无论是否是空文件夹） （rmdir –p 只能删除空的文件夹） ;文件与目录管理 几个常见的命令： mv ：移动文件或更名 ;文件内容查阅 几个常见的命令： cat ：将文件的第一行到最后一行连续显示在屏幕上。加参数“-n”可以打印出行号，连同空白行也会有行号。 tac ：与cat相反，将文件的最后一行到第一行反向在屏幕上显示出来。 more ：一页一页翻动。空格：向下翻一页；回车：向下滚动一行；q：退出。 less ：一页一页翻动。空格：向下翻一页；PgDn：向下翻一页；PgUp：向上翻一页；q：退出。 head ：取出前面几行。默认情况显示前10行。加上参数“-n number”可以显示前number行。 tail ：取出后面几行。默认情况显示后10行。加上参数“-n number”可以显示后number行。 ;创建、修改一个纯文本文件 几个常见的命令： vi ：程序编辑器 1. 2. 按“a”，进入“Insert”模式，即输入模式。 3. 输入文本内容 4. 输入结束后，按“Esc”，退出“I