分子动力学模拟的Lammps实现分析报告.pptVIP

第五讲 分子动力学模拟的Lammps实现;A.常用分子动力学模拟程序;GROMACS 免费 / 主要针对生物体系，也适当照顾一般化学体系。算法好，计算效率高。界面友好，维护服务好。 TINKER 免费 /tinker/一般性分子动力学软件，对生物体系略有偏重。优点支持多种模型。仍在开发中，某些方面还不完善。 DL-POLY http://www.cse.clrc.ac.uk/msi/software/DL_POLY/ 一般性分子模拟软件，界面友好，计算效率高。维护服务很好.;LAMMPS 免费 / 一般性分子模拟软件。兼容当前大多数的势能模型，编程水平高，计算效率高。可以模拟软材料和固体物理系统。 Materials Explorer 立足于Windows平台的多功能分子动力学软件。拥有强大的分子动力学计算及Monte Carlo软件包，是结合应用领域来研究材料工程的有力工具。Materials Explorer可以用来研究有机物、高聚物、生物大分子、金属、陶瓷材料、半导体等晶体、非晶体、溶液，流体，液体和气体相变、膨胀、压缩系数、抗张强度、缺陷等。Materials Explorer软件中包含2Body，3Body，EAM，AMBER等63个力场可供用户选择。Materials Explorer软件拥有完美的图形界面，方便使用者操作。;B、使用L-J势模拟裂纹的扩展;B、使用L-J势模拟裂纹的扩展;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;C.使用EAM势模拟Ni的循环行为;金属材料模拟中Lammps的单位;# 3d metal 拉伸模拟 #模拟条件的初始化 Units metal #指定模拟中的单位类型 boundary s s s #指定模拟的边界条件 atom_style atomic #指定原子类型，原子的属性 Lattice fcc 3.52 #指定材料的晶格类型和晶格常数 region box block -5 5 -5 5 -15 15 #xlo,xhi,ylo,yhi,zlo,zhi =区域box的上下限 create_box 1 box #建立只有1中原子类型的simulation box create_atoms 1 box #在simulation box中创建类型为1的原子（原子位置初始化）;pair_style eam #定义原子之间相互作用势 pair_coeff * * Ni_u3.eam #定义作用势的参数，通过文件输入 Neighbor 2.0 bin #定义近邻表参数(r+rc),rc=2.0埃 neigh_modify delay 5 #定义更新近邻表的加载步间隔;region lower block INF INF INF INF INF -13 #生成lower区域，便于加载 region upper block INF INF INF INF 13 INF #生成upper区域，便于加载 group lower region lower #定义lower组 group upper region upper #定义upper组 group boundary union lower upper #定义boundary组 group mobile subtract all boundary #定义mobile组，便于计算统计温度（调温）;#定义计算和边界钢化 compute new2 all centro/atom #定义计算原子的适配度（针对所有的原子） compute new3 mobile temp 定义计算统计温度（针对可动原子） Fix 1 all nve #时间积分算法（微正则系综） fix 2 lower setforce NULL NULL 0.0 #使得lower group之间没有z方向的力，z方向钢化 fix 3 upper setforce NULL NULL 0.0 #使得upper group之间没有z方向的力，z方向钢化;#定义控温和原子速度初始化 fix 4 mobile temp/rescale 10 30.0 30.0 5.0 1.0 #使用直接调温法调整mobile原子的速度，每10步一调 #使得目标温度为30+-1K，温度在30+-5rescale之外调 fix_modify 4 temp new3 #调温时，计算温度采用news计算 Velocity mobile create 30 887723 temp new3 #初始化mobi