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BayesianModelAveragingwithBMS
Bayesian Model Averaging with BMS
for BMS Version 0.3.0
Stefan Zeugner
May 5, 2011
Abstract
This manual is a brief introduction to applied Bayesian Model Averaging with the R package
BMS. The manual is structured as a hands-on tutorial for readers with few experience with
BMA. Readers from a more technical background are advised to consult the table of contents
for formal representations of the concepts used in BMS.
For other tutorials and more information, please refer to http://bms.zeugner.eu.
Contents
1 A Brief Introduction to Bayesian Model Averaging 2
1.1 Bayesian Model Averaging . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.2 Bayesian Linear Models and Zellner’s g prior . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
2 A BMA Example: Attitude Data 3
2.1 Model Sampling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
2.2 Coe?cient Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
2.3 Other Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
3 Model Size and Model Priors 6
3.1 Binomial Model Prior . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
3.2 Custom Prior Inclusion Probabilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
3.3 Beta-Binomial Model Priors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
4 MCMC Samplers and More Variables 10
4.1 MCMC Samplers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
4.2 An Example: Economic Growth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
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