基于端粒G四链体受体构建具有抗肿瘤药效团模型汇编.pptx

基于端粒G．四链体受体构建具有抗肿瘤功效的药效团模型 演讲：XXX 目录 1 2 3 4 背景介绍 计算方法 结果与讨论 结论 01 / 背景介绍 G-四链体 02 / 计算方法 端粒G-四链体的受体配体复合物来源于文献的报道，为分子间的G-四链体四聚体结构，由4条富含鸟嘌呤的DNA单链构成。 其三维结构(PDBID：2JWQ)下载至Protein Date Bank(PDB)数据库。 软件采用美国Accelrys研发的专业生命科学分子模拟。 软件Discovery Studio 3．5中的Structure Based Pharmacophore模块。 二级标题 03 / 结果与讨论 3.1药效团模型的构建 首先进行受体配体复合物的导入，通过复合物的信息可以看到其共有2个结合口袋。分别用不同颜色标注活性口袋周围的残基。 蓝色表示活性位点l、绿色表示活性位点2，中间灰色球状物体为配体MMQ，灰红色相间的为另2条DNA链。 03 / 结果与讨论 3.1药效团模型的构建 用Receptor-Ligand Interactions—Define and Edit Binding Site完成了受体分子的选取，供下一步使用。然后通过Pharmacophore—Edit and Cluster Pharmacophore Features自动产生药效团特征元素(图 2)，包括氢键受体(Acceptor)、氢键供体(Donor)及疏水特征(Hydrophobe)，此次产生了大量的药效团特征元素。 03 / 结果与讨论 3.1药效团模型的构建 在初次构建相互作用模型之后，20个以内药效团特征元素是一个比较合理的数目。 然后对药效团特征元素进行聚类分析后，Acceptor 12个、Donor 10个、Hydrophobe 8个。 去除离活性位点较远的药效团元素；根据选取的原子产生排除体积，最终得到一个含有排除体积的基于端粒G-四链受体的药效团模型 03 / 结果与讨论 3.2药效团模型的验证 在使用药效团模型之前，必须对其进行验证，考察18个药效团特征元素中比较关键的元素。 然后构建含有8个活性分子和9个非活性分子的测试集来验证药效团模型。 若模型匹配出的越多活性化合物越多，非活性化合物越少，表明模型的区分能力越强。 03 / 结果与讨论 3.2药效团模型的验证 在使用药效团模型构建之后最后筛选出test_29，能够与SBP01药效团模型匹配最好。 纵坐标test开头表示活性分子，横坐标zinc开头是非活性分子。 01 / 结论 本文首先基于端粒G-四链体受体初步构建了药效团模型，验证结果显示：8个活性分子中7个能与药效团模型相匹配，9个非活性分子中只有1个能与药效团模型相匹配； 这说明此药效团模型的区分能力很好。通过上述实验，最终得到一个基于受体的药效团模型SBP01，这个模型能够用于天然产物数据库的高通量虚拟筛选。为发现抗肿瘤药物设计的先导化合物提供理论基础。