微生物生态：科学问题与实验设计汇编.pptxVIP

微生物生态：科学问题与实验设计 束 文 圣 致谢 周集中 李筱婧 陈永健 束浩月 邝嘉良 花正双 Institute for Environmental Genomics, Department of Microbiology and Plant Biology, University of Oklahoma, Norman, OK 73019 Microbial Ecology in Genomics Era: Challenges and Opportunities Zhongshan University, Guangzhou, November 5, 2015. Jizhong (Joe) Zhou jzhou@; 405-325-6073 School of Environment, Tsinghua University, Beijing Earth Science Division, Lawrence Berkeley Laboratory, Berkeley, CA 共同关心的问题 采样量（体积、重量） 测序深度 多少样品 是否重复 是否混样 16S测序策略 宏基因组与GeoChip 16S与PICRUSt分析 数据分析 回答这些问题的根本：科学问题 专 业：生态学答辩人：李筱婧导 师：黄立南 教授 中山大学硕士学位论文答辩 采样量与估算方法对细菌物种丰富度估算的影响 研究背景 微生物个体数目巨大，多样性极高，占据了地球生物多样性的绝大部分 (Whitman et al., 1998 ;Torsvik et al., 2002)； 微生物的物种丰富度与组成一定程度上决定微生物群落功能(Bell et al., 2005)，并在地球生物化学循环中扮演核心角色 (Prosser et al., 2007)； 不同丰度水平的物种对细菌群落水平的多样性有着不同程度的贡献，且在微生物群落中有着不同的角色和功能 (Shade Handelsman, 2011; Campbell et al., 2011)。 材料与方法 1 2 3 4 5 6 7 提取DNA qPCR验证 采样 样品准备 数据分析 采样 采样地：广东大宝山矿区多金属矿采样时间：2014年9月25-26日 采样水量：1 ml、5 ml、10 ml、50 ml、100 ml、500 ml、1 L、5 L和10 L等9个水平（每个水平10个重复） 采样操作： 1 原位收集微生物细胞 2 原位测定温度、pH值、溶氧值和Eh值 3 保存适量水样用于细胞计数和理化测定 采样量的影响 采样量的影响(测序量100000)物种丰富度与组成 测序量的影响 测序深度 1000 10000 100000 门 10major - 92.1% 7.9% unassigned 13major - 89.4%9.1% unassigned 23major- 90.3%9.6% unassigned 纲 15 23 34 目 25 42 68 科 26 51 115 属 1971% unassigned 5376% unassigned 30476% unassigned OTUs 151~254 537~902 1632~2432 测序量的影响物种丰富度与组成 表3-1 不同测序量间AMD细菌群落的物种组成分布 测序量的影响（500ml样品）常见种和稀有种的覆盖度 97% cutoff Three runs of MiSeq OTU Overlaps among Three Tags with MiSeq 54 soil samples Same DNAs from each sample amplified and sequenced by three tags 10,000 sequences per technical replicate 15% of overlap for was observed for identical communities This is similar to pyrosequencing, indicating that this artifact is sequencing-technology dependent 15 Effects of Sequencing Effort on OTU Overlaps: never reach 100% Uclust UPARSE Deep sequencing to 16M reads per sample OTU overlap increases with sequencing depth, but with saturation at