蝴蝶蘭转录体资料库之建置课件.pptVIP

蝴蝶蘭轉錄體資料庫之建置 951558 許博盛 951513 張育銓 專題研究背景： Phalaenopsis俗稱蝴蝶蘭，目前在NCBI( / )的資料庫當中，蝴蝶蘭屬僅僅只有Equestris與Violacea兩種有序列資料。將這些EST( expression sequence tag )作了序列組合(sequence assembly)後，得到了contigs與singletons。而今我們將這些已知資料，利用程式語言相關技術做了分類或翻譯，將這些資料上傳並建置資料庫，配合網站的架設，展示在網路上。 專題研究目標 建立已知蝴蝶蘭的基因序列資料庫，且提供相關的序列資料，已纇NCBI網站為目標。(以下) 專題架構與流程： 專題的作業架構流程四部分： 1.序列資料的切割與整理。 2.檔案格式的統一。 3.建立物種序列資料庫。 4.網頁開發並與資料庫作connection. 1.序列資料的切割與整理1 Step 1 DNA序列?蛋白質序列(C++) Step 2 轉譯出蛋白質序列共六種(+1 +2 +3 -1 -2 -3) Step 3 計算ORF起始、終止位置 1.序列資料的切割與整理2 ORF的起始與終止位置 1.擔心擷取到的序列過於零碎 由於我們的序列資料有一些零碎的片段，導致序列資料不一定是由ORF中的M開始。 2.解決辦法 所以我們不考慮ORF一定要由M開始，所以在取出對應到序列的時候，我們再取超過原序列長度的三分之一的ORF序列。 1.序列資料的切割與整理3 Pfam 比對 將轉譯出來的胺基酸序列，丟到Pfam網站上讓他從資料庫中比對出相同的片段。我們取E-value小於10的負10次方的，這代表我們比對出的片段是巧合相同的機率大幅降低。 2.檔案格式的統一 上傳資料庫的資料統一為csv格式，為了滿足條件，每一次整理完條件都要將檔案另存新檔為此一檔案格式。 3.建立物種序列資料庫 根據不同檔案來源，分別命名建立表格欄位，根據每一個檔案中資料欄位的 不同作設定，初始化完成後匯入檔案，就 建立起相關的資料庫，同 圖(三) 就是我們 所建立的資料庫管理中心。 每一個檔案都會有一個自己的table，在所 建立的資料庫table上，相關連的資 料庫會用共同變數key作為彼此資料互通 的連結參數。如此一來不同table的資料也 可以同時展現或使用。 4.網頁開發並與資料庫作connection. 利用基本網頁語言CSS、HTML架設網 頁外觀，搭配PHP連接外部資料庫， 把資料傳送進來，讓網頁能夠展示資 料庫的資料，除此之外還設計了站內 資料查詢搜尋功能，圖(四)就是站內提 供的進階搜尋頁面，讓使用者能輕鬆 找到自己所需要的資料。 網站使用方法： 一開始進入網站首頁，會有網站的相關介紹，除了介紹文章之外，我們 也建立的好站連結的功能，同圖(六)所示，在網頁左手邊有connection可以供使用者連結到他站做相關瀏覽功能。在連結下方的則是站內的連結，使用者可以依照自己所需要的蝴蝶蘭類別作不同的選擇，如果需要瀏覽pe.fasta.clean.cap.contigs的資料，只需要點擊連結就會連到這一個資料的顯示頁面去，除了連接個資料之外，首頁還提供了站內搜尋的功能，若需要進階搜尋，只要點擊GO SEARCHING.就會進入進階搜尋頁面，就可以根據自己喜好做搜尋選擇。當然搜尋功能不是只有在首頁提供，在每一個不同資料連接的頁面，都有提供相關資料的搜尋功能，圖(七)所示就是在相關資料庫中的搜尋功能位置，只需要打上關鍵字，就可以針對關鍵字搜尋。由於資料眾多，使用者可以在進入資料頁面後，直接在左上方輸入要瀏覽的頁面，大大減少了切換頁面的時間。