Materials Studio操作步骤(本人原创).pdf

第3 章 铁基块体非晶合金-纳米晶转变的动力学模拟过程 3.1 Discover 模块动力学模拟 3.1.1 原子力场的分配 在使用 Discover 模块建立基于力场的计算中，涉及几个步骤。主要有：选 择力场、指定原子类型、计算或指定电荷、选择non-bond cutoffs 。 在这些步骤中，指定原子类型和计算电荷一般是自动执行的。然而，在某些 情形下需要手动指定原子类型。原子定型使用预定义的规则对结构中的每个原子 指定原子类型。在为特定的系统确定能量和力时，定型原子使工作者能使用正确 的力场参数。通常，原子定型由Discover 使用定型引擎的基本规则来自动执行， 所以不需要手动原子定型。然而，在特殊情形下，人们不得不手动的定型原子， 以确保它们被正确地设置。 图 3-1 调出选择原子窗口 图3-2 选择原子窗口 计算并显示原子类型：点击Edit →Atom Selection ，如图3-1 所示。弹出对话 框，如图3-2 所示。从右边的…的元素周期表中选择Fe，再点Select，此时所建 晶胞中所有Fe 原子都将被选中，原子被红色线圈住即表示原子被选中。再编辑 集合，点击Edit→Edit Sets ，如图3-3、3-4 所示。 图3-3 编辑集合 图3-4 设定新集合 弹出对话框见图 3-4 ，点击New... ，给原子集合设定一个名字。这里设置为 Fe，则3D 视图中会显示 “Fe ”字样，再分配力场：在工具栏上点击Discover 按 钮 ，从下拉列表中选择Setup，显示Discover Setup 对话框，选择Typing 选项 卡，见图3-5 。 图3-5 给原子添加力场 在Forcefield types 里选择相应原子力场，再点Assign （分配）按钮进行原子 力场分配。注意原子力场中的价态要与 Properties Project 里的原子价态 （Formalcharge ）一致。 3.1.2 体系力场的选择 点击Energy 选项卡，见图3-6 。 图3-6 Energy 选项卡 图3-7 力场下拉菜单 力场的选择： 力场是经典模拟计算的核心，因为它代表着结构中每种类型的原子与围绕着 它的原子是如何相互作用的。对系统中的每个原子，力场类型都被指定了，它描 述了原子的局部环境。力场包括描述属性的不同的信息，如平衡键长度和力场类 型对之间的电子相互作用。常见力场有COMPASS 、CVFF 和PCFF 。 Select 下拉菜单中有三个选项，见图3-7 ： ①COMPASS 力场：COMPASS 力场是第一个把以往分别处理的有机分子 体系的力场与无机分子体系的力场统一的分子力场。COMPASS 力场能够模拟小 分子与高分子，一些金属离子、金属氧化物与金属。在处理有机与无机体系时， 采用分类别处理的方式，不同的体系采用不同的模型，即使对于两类体系的混合， 仍然能够采用合理的模型描述。本文采用此力场。 ②CVFF 力场：CVFF 力场全名为一致性价力场(consistant valence force field), 最初以生化分子为主，适应于计算氨基酸、水及含各种官能团的分子体系。其后， 经过不断的强化，CVFF 力场可适用于计算多肽、蛋白质与大量的有机分子。此 力场以计算系统的结构与结合能最为准确，亦可提供合理的构型能与振动频率。 ③PCFF 力场：PCFF 为一致性力场，增加一些金属元素的力参数，可以模 拟含有相应原子的分子体系，其参数的确定除大量的实验数据外，还需要大量的 [16] 量子力学计算结果 。 3.1.3 非键的设置 打开Non-bond 选项卡，见图3-8 。 图3-8 非键选项卡 非键作用力包括范德华力和库伦力。这里将两者都选上，为的是后期做 minimizer 优化原子位置时精确度