图位克隆的基本原理及方法1.ppt

图位克隆的基本原理和方法;图位克隆的基本原理;;Primary mapping;作图群体; R/R;primary mapping method ;ZH11;找到紧密连锁的分子标记之后我们就要进行一个“阳性”检测：即检测这个找到的分子标记是不是真正的与目标性状连锁。 我们对F2代群体中随机选取一个200左右的小群体，将找到的分子标记分别扩增这些样，看表型与基因型是否对应。 同时我们可以用这个小群体进行一个初步的基因定位。;Fine mapping; R/R;ZH11：“A” ZS97：“B” 交换有两种带型：H和B;单株 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10;开发新的标记： 新的SSR标记： /modules/redbtools/ssrscan.php，运行SSRScan就会得到该段序列的简单重复序列。 InDel/Caps标记：将要开发标记的日本晴区段序列与93-11做一个blast，选取插入或者缺失比较大的位点设计引物。 SNPS标记:可以通过测序找到在ZH11/ZS97间存在单碱基差异的位点，或者找谢老师咨询。 ;Candidate gene;精细定位;找到候选基因后可对候选基因进行分析以排除非目标基因，可以通过比较扩增，测序，表达量检测及目标性状相关的生化和生理途径等方法来排除。当然最后要说明问题的话就是构建互补载体做一个互补验证。;