蛋白质结构分析原理及工具-文献综述.docVIP

蛋白质结构分析原理及工具 （南京农业大学生命科学学院 生命基地111班） 摘要：本文主要从相似性检测、一级结构、二级结构、三维结构、跨膜域等方面从原理到方法再到工具，系统地介绍了蛋白质结构分析的常用方法。文章侧重于工具的列举，并没有对原理和方法做详细的介绍。文章还列举了蛋白质分析中常用的数据库。 关键词：蛋白质；结构预测；跨膜域；保守结构域 1 蛋白质相似性检测 蛋白质数据库。由一个物种分化而来的不同序列倾向于有相似的结构和功能。物种分化后形成的同源序列称直系同源，它们通常具有相似的功能；由基因复制而来的序列称为旁系同源，它们通常有不同的功能 ADDIN EN.CITE EndNoteCiteAuthorFitch/AuthorYear2000/YearRecNum245/RecNumDisplayText[1]/DisplayTextrecordrec-number245/rec-numberforeign-keyskey app=EN db-id=da5sta0e8zrzaneszwax0t5o92tawfd09ra5245/key/foreign-keysref-type name=Journal Article17/ref-typecontributorsauthorsauthorFitch, W. M./author/authors/contributorsauth-addressFitch, WM#xD;Univ Calif Irvine, Dept Ecol amp; Evolutionary Biol, 321 Steinhaus Hall, Irvine, CA 92697 USA#xD;Univ Calif Irvine, Dept Ecol amp; Evolutionary Biol, Irvine, CA 92697 USA/auth-addresstitlestitleHomology - a personal view on some of the problems/titlesecondary-titleTrends in Genetics/secondary-titlealt-titleTrends Genet#xD;Trends Genet/alt-title/titlesperiodicalfull-titleTrends in Genetics/full-titleabbr-1Trends Genet/abbr-1/periodicalpages227-231/pagesvolume16/volumenumber5/numberkeywordskeywordproteins/keywordkeywordsequence/keywordkeywordgenes/keywordkeywordconvergence/keyword/keywordsdatesyear2000/yearpub-datesdateMay/date/pub-dates/datesisbn0168-9525/isbnaccession-numWOS:000086817500010/accession-numurlsrelated-urlsurllt;Go to ISIgt;://WOS:000086817500010/url/related-urls/urlslanguageEnglish/language/record/Cite/EndNote[HYPERLINK \l _ENREF_1 \o Fitch, 2000 #2451]。因此，推测全新蛋白质功能的第一步是将它的序列与进化上相关的已知结构和功能的蛋白质序列比较。表一列出了常用的蛋白质序列数据库和它们的特点。 表一 常用蛋白质数据库 数据库说明链接蛋白序列数据库GenPeptTranslations of GenBank coding nucleotide entries/Genbank/PIRInternational protein database/RefSeqCurated, non-redundant with expert annotation/RefSeq/UniProt/SwissProtReviewed, manually annotated entries/help/uniprotkbUniProt/TrEMBLAutomatically classified and annotated entries/help/uniprotkb蛋白质分类数据库CATHProteins classified based on class, architecture, topol