蛋白质质谱高通量剖析平台.pptVIP

蛋白质质谱高通量分析平台;文献：《蛋白质质谱高通量分析平台的建立  及其在消化道肿瘤中的应用性研究》作者：余捷凯?? 学校：浙江大学?????发表时间:2006-06-01 ;内容简介;1. 简介 2. 数据预处理 去除噪音和基线， 局部极值法和信噪比过滤寻找峰， 峰的重复性比较， 不同样本中同一个峰聚类成簇 ， 强度均一化 ， 数据标准化 3. 候选肿瘤标志物的筛选 ;一.简介;简介;简介;传统的方法使用3个软件来完成数据分析： Proteinchip Software 3.2：calibration和normalization； Biomarker wizard 3.1：信噪比过滤和寻找蛋白质峰； Biomarker Patterns Software 5.0：筛选候选肿瘤标志物并建立决策树模型。;二.数据预处理;应用小波变换降低噪音： 离散小波变换(DWT) 线性平移不变离散小波变换(UDWT);基线 采用局部最小(中值)线性拟和的方法来去除。;1.去除噪音和基线;??除噪音和基线的效果如图：;去除噪音和基线后的质谱数据用局部极值法结合信噪比过滤可以很好的寻找蛋白质峰。如下图所示：;结果显示，这部分数据用信噪比为3（图d），可以得到较好的蛋白质质峰。;以此方法找到的峰总共为在80%以上的样本中均出现的为64个；而传统方法在