变性梯度凝胶电泳分析口腔微生物多样性的研究进展.docVIP

KKME---专业医学搜索引擎/ 变性梯度凝胶电泳分析口腔微生物多样性的研究进展 作者：谷海晶综述 凌均 审校 作者单位：中山大学光华口腔医学院·附属口腔医院牙体牙髓病科 广东 广州 510055 【摘要】 变性梯度凝胶电泳（DGGE）是近些年微生物分子生态学研究中的热点技术之一。由于DGGE技术具有可靠性强、重现性高和方便快捷等优点，被广泛地应用于微生物群落多样性和动态性分析。下面就DGGE的原理、在口腔微生物研究中的应用、优缺点和应用前景作一综述。 【关键词】 微生物群落； 变性梯度凝胶电泳； 微生物多样性 Evaluation of oral microbial diversity with denaturing gradient gel electrophoresis GU Hai-jing, LING Jun-qi. （Dept. of Conservative Dentistry and Endodontics, Guanghua College of Stomatology, Sun Yat-Sen University, Guangzhou 510055, China） [Abstract] Denaturing gradient gel electrophoresis（DGGE） is an advanced molecular fingerprinting technique.Because of its objective, rapid and accurate assessment character, DGGE has extensively been used on assessment of the diversity and changes of bacterial species in the microbial population. This article reviewed the principle, merits and limitations of DGGE technique and also reviewed the latest research in the oral cavity with this novel technique. [Key words] microbial flora； denaturing gradient gel electrophoresis； microbial diversity 微生物的多样性是指在一个集合群落中，众多不同类型微生物的变化以及它们之间相对的丰度。分析生态系中微生物群体的多样性和群落结构的经典方法是分离、培养和鉴定，需要进行一系列繁杂的形态特征和生理生化试验。这种方法最大的缺点是，即使最复杂的试验组合也不能对分离物进行精确的鉴定，而且不能反映分离物间的系统发育关系；其次，自然界中只有0.11%～1%的微生物通过常规方法能被培养[1]，而在龋病、牙周病等口腔细菌感染性疾病中，相当一部分细菌无法培养[2]。因此，人们不能利用传统的微生物技术获得微生物多样性的真正概貌。近年来，逐步发展起来的分子生物学手段可避免经典微生物技术在多样性研究中的局限性，可更可靠、更直接地反映微生物多样性在生态系中的原始构成。这些分子生物学方法包括（G+C）%、16SrDNA序列分析、变性梯度凝胶电泳（denaturing gradientgel electrophoresis，DGGE）、温度梯度凝胶电泳（temperature gradient gel electrophoresis，TGGE）、荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization，FISH）等。 1 变性梯度凝胶电泳原理 DGGE技术是由Fischer等[3]于1979年提出的用于检测DNA突变的一种电泳技术。1993年，Muyzer等[4]将DGGE技术应用于微生物生态学研究，证实了该技术在研究自然界微生物群落的遗传多样性和种群差异方面具有明显的优越性。DGGE通过核酸信息对微生物群落进行表征，较传统的菌种分离培养技术更快捷并能鉴定出不可培养细菌。所以与传统方法相比较，DGGE技术能够快速、准确地鉴定在自然生态环境或人工生态环境中的微生物种群，进行复杂微生物群落结构演替规律、微生物种群动态、基因定位、表达调控的评价分析。由于DGGE具有可靠性强、重现性高和方便快捷等优点，因此在短短的10年内成为微生物群落遗传多样性和动态分析的强有力工具，被广泛用于生物膜、土壤、海洋等环境样品中的微生物多样性检测和种群