EST电子延伸克隆专题讨论总结.pdf

【EST 电子延伸/克隆】专题讨论总结 目的： 方便后来战友的参考，积累资源。 原因： 1。最近求助较多； 2。是一种较常用的生物信息学手段。 形式： 1。可以为原创总结 2。可以为本版关于 EST 电子延伸讨论的总结(需要有连接) 3。以上二者结合（推荐） 内容： 1。在线/离线的工具，并简单介绍优缺点。 2。推荐优秀的工具。 3。可能存在的问题以及解决方法的探讨。 4。以上 3 点并不强求全部都有，能就一点深入即可。 5。也可提供线索。 奖励： 1。积分奖励：根据总结的情况，奖励底线：3 分，最高奖励：20 分或更高，不设上线（适 用于自编软件）。 2。提供线索视情况加 1-2 分。 2。战友的点击、浏览、学习、肯定、收获、回报其实才是最大的奖励 衷心感谢参与讨论的诸位战友： starrweb；wxbing； tussah ；yinhp01 ；crickfrancis； hxygz ；sunxjk ；fxd ；楚布衣；ke nmed ；稀糊醋鱼 ；tonyybn ；yxiangmind； huazii_2003 ；Gmail ；newdragon； xiaoxiao ；ttdcs ；magicwang； tussah ；jef。 你们的参与促成了讨论的成功。 感谢magicwang；yinhp01；crickfrancis的精心总结，你们的工作使得大家的讨论更有意义。 imsupergene 电子克隆简介 新基因搜寻和蛋白质功能分析是人类基因组图谱公诸于世后的研究热点，电子克隆技 术以数学为核心，以计算机和互联网为工具，利用现有的表达序列标签（EST）和生物信息 数据库，可以加速对人类基因组未知功能新基因的发掘，为人类功能基因组学与蛋白质组学 研究提供新的线索和基础。利用电子克隆并结合实验验证可以纠正或避免现有的人类基因组 编码序列错误。 电子克隆定义： 依托现有的网络资源等,用同源性检索、聚类、序列拼装等获得部分乃至全长cDNA序列的一 种方法。其方法是以目的EST作为种子序列，对选定的dbEST进行同源性搜索，将所选高度 同源的ESTs归类，作为种子序列库，进行序列拼装，构建序列重叠群，??以此重叠群为种 子序列重复进行同源性搜索、聚类、拼接直至无法进行，已达到最有效延伸。 电子克隆意义： 获得整个编码区或者可变剪接体，寻找全长基因并发现新基因，加速基因结构、功能 研究的进程，推动比较基因组学的发展和基因的进化的研究。（以前我以为是设计好的引物 做 BLAST，观察引物的好坏，哈哈 ） 具体步骤: 获得了感兴趣的并可能有潜在功能位点的 EST， 以此 EST 为种子序列采用 dbEST 进 行同源性搜索，以期获得有片段重叠、同源性高的 ESTs。经聚类分析，尽量避免含有旁系 同源基因，拼接后产生的序列重叠群，这相当于实验中的一部分 cDNA 步移工作。以新获得 的为种子序列重复进行上述两步骤，至不能获得延伸为止。进行实验，PCR 反应获得拼接片 段，继续步移，最终获得全长 cDNA 序列。将新基因对非冗余库进行搜索，以证明这是个全 新基因。将新基因注册，获取注册号。 普适性: 这得取决 EST 数目大小，能否覆盖基因组的转炉产物。 大规模 EST 克隆新基因方法： 大概思路可否如下:组织文库基因获取模拟消减杂交(类似试验中的 SSH)克隆全 长 cDNA电子拼接、RACE基因全长--功能域、功能基序分析--染色体定位--功能预测 推断新基因的功能最终可获得一到几条序列即可。 如果能从现有的 EST 库中寻找差别：如正常组织和肿瘤组织的 EST 差别。甚至自己仅 仅构建一些膜蛋白的文库，利用跨膜蛋白的保守区域克隆所有的细胞表面蛋白，分析表达差 异，看看能否和理论预测达到比较好的吻合。