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2017-04-25 发布于山西
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Gromacs 软件使用指南

Gromacs 软件使用指南（upgrade to gromacs-4.0.7） 2010 年 5 月中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心 1 目录软件使用指南.............................................................................................1 目录...........................................................................................................................................2 1. 软件介绍..............................................................................................................................3 2. 软件的安装与测试..............................................................................................................3 2.1 安装目录及安装信息................................................................................................3 2.2 测试结果....................................................................................................................3 3. 软件的运行使用方法..........................................................................................................3 2 1. 软件介绍 GROMACS 是分子动力学通用软件包，用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。它特别适用于生物分子，如蛋白质，油脂等有大量复杂键作用的体系，但是由于 GROMACS 在计算非键作用（这占了模拟的主要部分）时相当快，因此也可广泛应用于非生物体系，如聚合物。GROMACS 使用标准 MPI 通信进行并行计算。 3.3.3 版 2. 软件的安装与测试 2.1 安装目录及安装信息安装目录：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gromacs/gromacs-3.3.3 2.2 测试结果 m(n,n)：表示在两个结点上各用 n 个 cpu，共 m 个进程测试 1：share/gromacs/tutor/mixed CPU 数 wallclock CPU 加速比 1 1394s 2 899s 4 513s 8 343s