b-factor读书报告.doc

B-Factor读书报告 王彤 B-Factor 值，也叫“温度因子”，是另一个描述蛋白质灵活性的指标。如果说 RMSF 反映的是蛋白质的动态灵活性，那么 B-Factor 体现的则是蛋白质的静态灵活性。B-Factor 值是从蛋白质的 X 光衍射晶体结构的数据中获得的，它反映了原子的电子层的离散程度。一个氨基酸的 B-Factor 值通过平均组成氨基酸的所有原子的 B-Factor 来获得。B-FITTER 就是这样一个软件，从蛋白质的三级晶体结构中提取原子 B-Factor 数据，然后平均，获得所有残基 B-Factor 值，以此衡量蛋白质的灵活性。但在进行蛋白质柔性区域的预测的过程中需要注意，即便同一种蛋白质，从不同的晶体结构中获得的 B-Factor值是有所不同的，B-Factor 值跟蛋白质的结晶质量、结构的分辨率有很大的关系。 组成蛋白的氨基酸的B-Factor 值越大，表示该氨基酸对于稳定蛋白的作用越小。因此将组成蛋白的氨基酸的B-Factor 值进行排序，然后将B-Factor 值高的氨基酸替换为B-factor值低的氨基酸，可以提高蛋白的热稳定性。 具体的操作方法大致分为四种，分别是B-Factor 值与Rosetta design配合确定突变位点与突变氨基酸，B-Factor 值与特殊结构的同源对比确定突变位点与突变氨基酸，B-Factor 值与饱和突变，B-Factor 值与迭代饱和突变。 下面对于四种方法进行详细的介绍： 1．B-Factor 与Rosetta design B-Factor 与Rosetta design的结合使用是当前最高效的方法之一，首先计算出组成蛋白质的所有氨基酸的B-Factor值，然后选出B-Factor值最高的氨基酸，将其输入到Rosetta之中，经过Rosetta计算，确定将B-Factor值高的氨基酸突变为何种氨基酸，然后通过定点突变得到突变株。 参考文献： 1.Enhancing the Thermostability of Serratia plymuthica Sucrose Isomerase Using ·B-Factor-Directed Mutagenesis Xuguo Duan , Sheng Cheng , Yixin , Jing Wu 将沙雷氏菌AS9（AS9 Pal1）的蔗糖异构酶在大肠杆菌BL21（DE3）中表达， 在45℃下AS9 PalI的半衰期为20分钟，表明其不稳定。为了改善其热稳定性，选择具有更高B-Factor的6个氨基酸残基作为定点诱变的靶，并且RosettaDesign服务器设计6个突变体（E175N，K576D，K174D，G176D，S575D和N577K）。E175N和K576D突变体在初步实验中表现出改善的热稳定性，因此构建了双突变体E175N / K576D。 详细表征了这三种突变体（E175N，K576D，E175N / K576D）。 结果表明，与野生型酶（30℃）相比，三种突变体表现出稍微升高的最适温度（35℃）。突变体也具有相同的最佳pH 6.0，其与野生型酶的相同。 在45℃下，E175N，K576D和E175N / K576D突变体的半衰期分别为野生型酶的半衰期的2.30,1.78和7.65倍。动力学研究表明，E175N，K576D和E175N / K576D突变体的K m值分别下降了6.6％，2.0％和11.0％，与野生型酶相比,其k cat / K m值分别增加了38.2％，4.2％和19.4％。 2. Development of thermostable lipase B from Candida antarctica (CalB) through in silico design employing B-factor and RosettaDesign Hyun Sook Kim, Quang Anh Tuan Le, Yong Hwan Kim 本文采用了理性设计的方法来开发热稳定良好的CalB酶。这种方法的第一步是选择合适的网站显示高B-Factor值。基于从X射线数据获得的原子位移参数选择这些位点。然后用其它氨基酸取代所选择的位点，所述其他氨基酸通过使用RosettaDesign的计算建模确定一个比原始氨基酸更刚性的氨基酸。此外，包装分析工具“Voronoia”指出，野生型CalB1249残基的一个空腔在CalB R249L中消失，其可以是CalB R249L突变体与野生型CalB相比热稳定性增加的原因。 2．B-Factor 与特殊结构的同源对比 B-Factor与特殊结构的同源对比结合的方法，首先计算出组成蛋白质的所有氨基酸的B-Factor值，然后选出B-Factor