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OLEX做拓撲图并分析穿插结构--演示文稿
昨天有人在群里问如何看一个结构几重穿插,我当时不太清楚如何用OLEX软件画出穿插的拓扑图,就告诉他用DIAMOND如何如何做.
今天打开这个软件,捉摸了一下,好像做法和DIAMOND软件一样,现将操作过程演示一遍,也许很多地方大家会不甚明白,希望到时可以一起讨论!
------倏忽
2007-09-10 11:24
;打开OLEX软件-----导入数据;点Fragments按钮出现如上图----将下边两个复选框去勾(因为不是溶剂分子不参与骨架构筑;再点Fragments按钮下拉框,选generate钮,出现如上图
勾上’link change’—A from 最后边一个数可以选大点(如3or 4) 也可以选上’remove hydrogens’----OK;内容没有完全显示出来,可以点show view window
----点fit to screen(右图上边最靠后的一个钮);出现如上图;再点’show structure navigator(像一本摊开的书的形状的那个按钮)—再看框里头atoms:之后的数字,如果数字相近???都很大的,就都选上,数字小的不要选,选上几个就说明有几重穿插);再点network------construct net出现如上图;再隐藏非NET键,步骤:点上边BOND—network bonds-将列出的键全选上如右图;再右点窗口图任意处,反选-invertion selection---再把这些选上的键删除;拓扑图都出来了,那几重穿插呢?????;从结构里先选一个键—再点fragments---properties---出现上图;再monochromatic处选一种自己喜欢的颜色;除了原来的红色还有粉红色的了-----再从没有选过的键中再选一个键,如上方法,给其选另一种颜色;从上图中可以看出有三种颜色,就知道是三重穿插了;做完了
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