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RSEM和bowtie2的简介
RSEM原理简介;Outline;Why do we use RSEM ?;Why do we use RSEM ?;Why do we use RSEM ?;How does RSEM work ?;How does RSEM work ?;How does RSEM work ?;How does RSEM work ?;调用bowtie寻找每个read的所有比对情况,
只允许在开始的25个碱基中有两个错配。
RSEM使用EM算法找到抽取样本中θ的最大可能性
(Maximum likelihood)。
根据θ的Maximum likelihood计算所有reads的表达量情况,
得出FPKM值
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RSEM使用EM算法找到抽取样本中θ的最大可能性
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根据θ的Maximum likelihood计算所有reads的表达量情况,
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RSEM_prepare.sh
RSEM_GCI.sh;
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