peP_pattern．Pl，搜索蛋白质序列模体的Perl脚本.pdfVIP

第 ??卷 第 ?期? 华 中 农 业 大 学 学 报? ???．??? ??．?? ????年 ?月? ???????????????????????????????????????????? ?????????。?～ ?? ????— ????????．??，搜 索 蛋 白质 序 列模体 的 ?????脚 本? 李旭 凯? 彭 良才? 王令 强? 华 中农 业大学作物遗传 改 良国家重点实验 室／华 中农业 大学生物质与 生物 能源中心／? 华 中农业大学植 物科学技 术学院 ，武 汉 ??????? 摘要 用 ????语 言编写了一个 ???????????．??脚本 ，可从 一组相关 序列 中搜索非 常相似 的序列 片段 ，通过? 匹配所有可能的氨基酸片段的排列 ，统计每个 匹配模体 在序 列中的出现频率 和位置 ，搜 索蛋 白质序列 中的 ?～?? 个多肽的模体 。? 关键词 ???—???????．??；????脚本 ；蛋 白质序列 ；模体 ；排列? 中图分类号 ?????．?；?????．?? 文献标识码 ?? 文章编号? ????—?????????????????—??? 模体???????是 ???或蛋 白质序列 中局部的保?定 性 ???????????????方 法 ，如 ???????、??????—? 守 多 肽 区域 ，或 者 是 反 复 发 生 在 一 组 相 关 的 ???? ?????、???????引、??????。?等 。这 些方 法 中 ，统 计? 或蛋 白质 序列 中共 有 的一小 段 序 列 模 式 ，也 译 为 基? 学的模体识别方法应用更加广泛。? 序 ?????????【】?。蛋 白质 具 有 结 构 域 和 生 物 功 能 位? 但是对于氨基酸数 目少 ??～??的多肽 ，通过各? 点。功能相近的蛋 白质或同类蛋 白质家族成员表现?种 生 物信息 学方 法 识 别 出 的模 体 ，目前 没 有 很 好 的? 出该功能所必需的模体 ，这个模 体不仅反映蛋 白质? 办法得 到 预期 的结果 ；由于序 列模式 复 杂 ，很 难预 测? 的功能位点 ，而且也作为蛋 白质 家族的识别信 号。? 氨基酸序列 的模式 。???—???????．??提供 了一种方? 一 个蛋白质家族绝大多数成员共同拥有 的模体很可?便 的 ????脚本处理生物蛋 白序列 ，正好解决 了这个? 能是该家族组成结构和执行功能 的重要部分，这些? 问题 。笔者用 ????语言编写 了 ?个脚本— — ???—? 模体位点的探测和定位是蛋 白质研究 的重要方面。? ???????．??，用于从一组相关序列中搜索其 中非常相? 从蛋白序列中识别出某个蛋 白质家族共 同的模体就? 似 的序列 片段 ，通过 匹配 所 有 可 能 的 氨基 酸 片 段 的? 能 够描述 这个 蛋 白质 家 族 的 特征 ，可 以利 用 这 些 模? 排列 ，统计 每个 匹 配模 体 在 序 列 中