南海斑点马鲛群体遗传多样性研究的论文.docVIP

　　南海斑点马鲛群体遗传多样性研究的论文 摘　要：　本研究采用pcr技术对采自广州附近海域的斑点马鲛，19个个体的线粒体dnad-loop基因进行扩增和分析，结果表明，该斑点马鲛群体的遗传多样性较为丰富，19个个体通过聚类形成2大分支，表明该群体可能来源于2个不同的母系祖先。 关键词：遗传多样性； 斑点马鲛； 线粒体dna 作者简介：叶浩武（1990-），从事海洋渔业科学与技术研究工作。 收稿日期：2012-04-15 斑点马鲛属鲭科马鲛属，是暖水性鱼类，是我国南海区重要的经济鱼类。目前尚无关于斑点马鲛群体遗传多样性的研究报道。线粒体dna控制区是整个mtdna序列和长度变异最大的区域，被广泛应用于鱼类种群遗传学研究。本研究利用相应的引物对分布于南海的斑点马鲛的控制区部分序列进行了pcr 扩增和序列测定，分析该斑点马鲛群体的遗传多样性，以期为制定合理的斑点马鲛资源增殖和保护措施提供科学依据。 1　材料和方法 1.1实验材料　斑点马鲛样品于2007年6月取自广州，冷冻或新鲜样品运回实验室，取背部肌肉保存于95.0%酒精中。 1.2　实验方法　按传统法（酚/氯仿抽提法）从肌肉中提取基因组dna，将提取dna溶解于超纯水中，置4ordm;c保存。用于扩增控制区的扩增引物为：dl-：5’-ctggaaagaacgcccggcatg-3’。pcr反应体积为25 micro;l，其中包括50 mmol/l kcl，10 mmol/l tris-hcl，ph8.3，mgcl2 1.5 mmol/l，dntp 200 micro;mol/l，ex taq酶1.25 units，引物0.2 mmol/l，模板dna 1micro;l，加灭菌蒸馏水至25 micro;l。.pcr反应在eppendorf mastercycler 5333扩增仪上进行。pcr反应条件为：94℃预变性3 min，然后进行40个循环，每个循环包括94℃45s，50℃45s，72℃ 1 min，最后72℃延伸10 min。以上反应均用阴性对照来检查是否有dna污染。取1.5 micro;l扩增产物用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测。用小量胶回收试剂盒（上海华舜生物工程有限公司）进行pcr产物回收和纯化，回收产物由上海桑尼生物科技有限公司经abi公司3730 型全自动序列分析仪进行测序。 1.3　数据分析　用dnastar软件进行排序，并结合人工校正。通过mega（molecular evolutionary geics analysis, kumar 等，1993）软件统计所测序列的碱基组成，并计算出不同个体间的遗传距离，并构建nj系统树。用dnasp（dna sequences polymorphism）软件进行单倍型多样度（hd）、核苷酸多样性（pi）、平均核苷酸差异数（k）等遗传多样性参数的计算。 2　结果 2.1　目的片段的pcr扩增及序列测定　本实验共测定了斑点马鲛的19个个体的mtdna d-loop基因片段，其碱基序列为514bp，a、t、c、g 4种碱基在19个个体中的平均含量分别为35.5%(35.2%-35.8%)、30.6%(30.1%-30.9%)、19.4%(19.1%-19.7%)、14.5%(14.2%-15.0%)，at含量(66.1%)高于gc含量(33.9%),其碱基的平均含量与蓝点马鲛比较相似。斑点马鲛mtdna-loop基因的at含量(66.1%)与蓝点马鲛（68.2%）、太平洋鲭鱼d-loop基因的at含量(63.8%)非常接近，这也符合脊椎动物mtdna d-loop区域碱基组成的特点。 2.2　变异位点的分布　31个变异位点在19条斑点马鲛d-1oop序列中的分布如表1所示，其中简约信息位点为8个，它们分别位于第18、24、80、196、217、277、384、442位，其余的23个为单态信息位点。从表中还可以看出，19个个体的序列除2号和8号鱼序列相同外，其他个体都不完全相同，即19个个体共有18种单倍型，单倍型多样度为0.994，核苷酸多样度为0.00798。514 bp长度的核苷酸序列中共存在3个碱基插入(24、180、494)，20个转换位点(a-g、c-t)，5个颠换位点(位点8、34、282、488、491)及3个转换与颠换同时存在的位点(位点197、198、483)。 2.3　斑点马鲛不同个体间的遗传距离　应用mega2软件，根据d-loop序列算出了19个个体间的kimura遗传距离，19个个体中，除了sg2和sg8之间的遗传距离为0.0000，其他任何2个个体间的遗传距离均不为0.000，故共有18种单倍型；19个个体中sg.12与sg.14的遗传距离遗传距离最大为0.0179；19个个体间的碱基差异数