标准菌株和临床菌株oipA基因的检测及其核苷酸序列比对的论文.docVIP

　　标准菌株和临床菌株oipA基因的检测及其核苷酸序列比对的论文 【摘要】 目的：检测幽门螺杆菌标准菌株nctc11637及临床分离菌株hp1和hp2的oipa基因，分析其核苷酸序列，比对其与国际标准菌株hp 26695的同源性。方法：常规方法培养幽门螺杆菌，提取dna，pcr法扩增oipa基因，检测其核苷酸序列，并比较其与hp 26695的同源性。结果：nctc11637及hp1、hp2均表达oipa基因。其核苷酸序列与hp 26695比对，nctc11637有48个突变位点、hp1有48个突变位点、hp2有50个突变位点，同源性均为94%。nctc11637与hp1的同源性为100%、与hp2的同源性为97%。结论：nctc11637、hp1、hp2均表达oipa基因，但不同菌株oipa基因的核苷酸序列有所不同。 【关键词】 幽门螺杆菌 oipa基因 序列比对 　　detecting of gene oipa of normal and clinical helicobacter pylor strains and paring of their nucleotide sequences 　　shao shihe, uqing, han xiaohong, duan xiujie. 　　medical technology college, jiangsu university, zhenjiang 212001,china 　　［abstract］ objective:to detect the oipa gene of helicobacter pylori(hp) strains nctc11637 and hp1, hp2 isolated from clinical biopsies, analyze their nucleotide sequences and make a homologous parison of nucleotide ethods:the oipa gene clinical gastric biopsies after routine culture. then pcr products gene ade a homologous parison of nucleotide ber of mutation of nctc11637, hp1 and hp2 and ost identical to 11637 as much as 100%. the homology of hp2 and 11637 embrane protein 　　前炎症蛋白（outer inflammatory protein，oipa）为幽门螺杆菌(helicobacter pylori，hp)外膜蛋白的一种。.本文通过pcr方法扩增了nctc11637及两种临床分离菌株的oipa基因片段，并对其核苷酸序列进行了比对分析，以探讨oipa基因在不同菌株中的表达和序列状况，为进一步研究幽门螺杆菌的致病性及其致病机制提供依据。 　　1 材料与方法 　　1.1 菌种 nctc11637购自中国预防科学院流行病学研究所；临床菌株hp1从胃溃疡患者胃黏膜活检组织分离获得、hp2从十二指肠溃疡患者胃黏膜活检组织分离获得。 　　1.2 主要试剂和仪器 厌氧袋购自oxoid公司；taq酶、dntp购自takara公司；pcr基因扩增仪（mastercycler gracent, eppendor公司）；自动凝胶成像系统（美国uvp公司）。 　　1.3 hp培养与鉴定 nctc11637按常规方法培养。临床菌株分离培养：将尿素酶试验阳性的胃溃疡和十二指肠溃疡患者的胃黏膜活检组织直接涂布于哥伦比亚培养基上，置37℃微需氧培养，96小时后挑取可疑菌落进行革兰染色及生化反应鉴定。 　　1.4 hp dna提取 刮取培养96小时的菌落，按以下步骤提取dna。用1 ml pbs收集细菌，并悬浮细胞；13 000 r/min离心5分钟，去掉上清；100 μl te悬浮细胞，加500 μl ges混匀，13 000 r/min离心5分钟；将上清移到洁净管中，加入650 μl氯仿混匀，离心5分钟；将上清移到洁净管中，加入0.54×的异丙醇，混匀，室温5分钟；离心1分钟，弃上清液，用500 μl 70%乙醇洗涤；自然干燥后用100 μl te重悬，贮藏于4℃冰箱过夜。 　　1.5 引物合成与pcr扩增 根据genbank中hp 26695的oipa基因序列，由上海博亚公司设计并合成引物，其序列为p1：5′ggatccatgaaaaaagctctcttact3′，p2：5′ctcgagttaatgtttgtttttaaagt