NCBI基因序列数据库使用和检索方法.pdfVIP

情 报 纵 横 2003年 12月 第 12期 NCBI基因序列数据库使用和检索方法 张见影 伦志军 李正红 (吉林大学，长春 130021) [摘 要] 针对基 因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位 ，介绍 NCBI基 因序列数据库使用特点及其检 索方法。 (关键词】 数据库 ；基因序列 ；检索；NCBI [Abstract] The article 0w introduction to search strategies and function of NCBI Genoma． 【Key ] database；gene；searching；NCBI [中图分类号]G252．7 [文献标识码】A [文章编号]1008—0821(2OO3)12一O224—02 NCBI基因序列数据库 (htp：／／www．ncbi．nlm．nih．gov) 收录了 1981年至今各国科学家直接提交注册的基因序列、 各种科技期刊论文中报道的基因序列和各种专利中公开的 序列 。 1 因特网免费基因序列数据库概述 分子生物学技术作为未来具有战略意义的高科技的前 沿领域，其发展受到世界各国的高度重视，生物序列信息 源的有效开发和利用对该领域的发展至关重要。为促进生 物分子学技术的发展，许多国家都建立了专门的研究中心， 由政府资助从事生物序列数据库及检索系统和检索软件的 开发和研制，并通过因特网为科技人员提供生物序列信息 服务。目前．intemet网上的生物序列信息源主要分布在美 国、13本和欧洲。其中，比较著名的有美国国家生物技术 信息中心 (National Center for Biotechnology Information)开发 的genbank数据库、13本的 DDBJ核酸序列数据库、欧洲的 EMBL核酸数据库，此外还有许多其他蛋白序列数据库、 序列分析软件及工具。 在众多的基因序列数据库网站中，NCBI系统是集成化 程度最高的综合性生物序列信息库，是世界各国生物学家 使用最普通的序列检索和分析工具，在世界生物分子学研 究中发挥着巨大的作用。 NCBI是美国国家生物技术信息中心的简称，该中心成 立于 1988年，与美国国家图书馆同属于美国国立卫生研究 所 NIH。该中心主要负责美国生物信息源的开发和传播， 进行生物信息处理和检索软件的开发，此外还开展生物遗 传学方面的研究工作。有 NCBI开发的 GenBank数据库是世 界著名的核酸序列数据库，其序列信息来源于多种途径， 其中由来源于期刊的基因序列，由来源于专利文献的积云 序列。GenBank已成为世界权威的核酸序列登记数据库， 科研人员研究测定的核酸序列在正式发表之前，一般都先 到GenBank注册，各类学术刊物一般也要求提供序列的 GenBank登记号。 为了实现全世界范围的生物序列信息资源共享，向生 物技术领域的研究人员提供最全面和权威的生物信息服务， NCBI还收录了除GenBank以外的各种生物序列数据库，并 每天利用国际互连网接收这些数据库传送的最新数据，以 高度集成的方式向全世界的科技人员提供生物序列信息的 检索服务。 2 NCBI基因序列数据库的收录范围 NCBI检索系统收录了许多基因序列和蛋 白序列数据 库，此外还提供 MENLING数据库的检索。其 中，GenBank 数据库是 NCBI检索系统中主要的基因序列数据库，该数据 库收录了 1981年至今的各国科学家直接提交注册的基因序 列、各种科技期刊论文中报道的基因序列和各种专利中公 开的序列。另外，NCBI还收录了日本基因序列数据库 DD． BJ、欧洲基因序列数据库 EMBL以及 SWISS-PROT、PIR、 PDB等蛋白序列数据库。NCBI对系统收录的众多数据库进 行了整合，为用户提供了集成程度非常高的检索工具，可 以使用户方便地实现多个数据库集成化大规模检索。 3 NaⅡ系统提供的检索功能 NCBI提供多种生物序列数据库和集成化检索工具，用 户根据 网址 htp：www．ncbi．nlm．nih．gov进入 NCBI主 页后 可 以看到在 NCBI主页上方的导航条中有许多检索工具选择， 其 中包括 ： Pubmed：用 于 集 成 化 检 索 MEDLIN、PreMEDLINE、 HealthSTAB．等书目数据库的检索系统和一些电子版期刊论 文 (MEDLIN不收) Entrez：集成化检索系统。用于检索 BCNI系统中相互 接连的多个数据库，这些数据库包括 PubMed书目数据库、 核酸序列数据库、蛋白序列数据库、大分子结构数据库、 完整染色体数据库等。 Blast：序列相似性检索系统。用于在核酸序列数据库 或蛋白序列数据库中进行序列相似性检索，或对序列进行 分析。 OMIM：RENLIE