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第2章 遗传图绘制 结构基因组的研究策略 为何要绘制遗传图与物理图？ 1)基因组太大,必需分散测序,然后将分 散的顺序按原来位置组装,需要图譜 进行指导. 2)基因组存在大量重复顺序,会干扰排序, 因此要高密度基因组图. 3)遗传图和物理图各有优缺点,必须相互 整合校正. 什么是遗传图? 遗传图(Genetic Map): 通过遗传学方法, 以遗传图距(cM) 为单位绘 制的染色体上基因或标记之间相对位置的 连锁图. 遗传图与物理图 1）遗传作图（Genetic mapping） 采用遗传学 分析方法将基因或其它DNA顺序标定在染色体 上构建连锁图。这一方法包括杂交实验，家系分 析。遗传图距单位为厘摩(cM), 每单位厘摩定义 为1%交换率。 2）物理作图（Physical mapping） 采用分子生 物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标 定在基因组实际位置。物理图的距离依作图方法 而异，如辐射杂种（radiation hybrid）作图的计 算单位为厘镭(cR), 限制性片段作图与克隆作图 的图距为DNA的分子长度，即碱基对(bp, kb)。 基因 组测 序的 策略 由上至 下(左) 和由下 至上的 测序(右) 全基因组鸟枪法测序和基于克隆物理图的测序都必 须要有高密度的分子标记. 为何要用分子标记进行 基因组作图 基因组测序的基本策略是将整个基因组分 割成一些小的片段分别测序, 然后将测序的 片段进行组装, 使其回归到原来的位置. 为了确保分散的基因片段正确归位组装, 必 须寻找一批标记,它们在染色体上的位置是 已知的、唯一的、确定的, 并位于不同的测 序片段之中. 基因组路标(landmarker) 染色体上的基因和DNA顺序 均可作为路标, 路标具有 标记1 物理属性,它们由特定的 标记2 DNA顺序组成. 路标位于 染色体上的位置是固定的, 唯一的,不会更改的,因而 标记3 提供了作图的依据 座位(locus)与位点(site) Locus: 座位是经典遗传学中常用的概念, 系指染 色体上经遗传分析确定的某个位置, 它们 可以是基因、DNA顺序或分子标记. 因此 locus系指遗传单元在染色体所占据的位置. Site: 位点是指基因组物理图上某一确定的DNA 顺序. 注: 当locus是指确定的DNA顺序或基因序列时, 也可称为site. 遗传作图标记 1) 第一代分子标记,单一顺序多态性: RFLP, AFLP, RAPD 2) 第二代分子标记, 重复顺序多态性: Simple sequence length polymorphisrns, SSLPs Variable number of tandem repeats, VNTR Simple tandem repeats, STR Single sequence repeats, SSR 3) 第三代分子标记, 单核苷酸多态性: Single nucleotide polymorphisms, SNP 第一代分子标记RFLP RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism 限制性片段长度多态性 最早发现的DNA分子标记--RFLP RFLP是如何想到的? 1978年, 在犹他州盐湖城滑雪胜地艾尔 塔的一场例行的学术讨论中, 从事经典 人类遗传学研究的专家与从事分子生物 学研究的专家进行学术交流. 分子生物 学家从经典遗传学的研究中获得灵感. Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW David Botstein David Botstein是首先提出RFLP想法 的科学家. PRINCETON, N.J. -- Prince