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编码美洲螯龙虾肽聚糖识别蛋白(PGRP)cDNA的电子克隆及其生物信息学分析
第 9 卷第 3 期 南 方 水 产 科 学 Vol. 9, No. 3
2 0 1 3 年 6 月 South China Fisheries Science Jun. , 2013
doi: 10. 3969. j. issn. 2095 - 0780. 2013. 03. 001
编码美洲螯龙虾肽聚糖识别蛋白( PGRP) cDNA 的
电子克隆及其生物信息学分析
焦传珍, 田志环
( 韶关学院英东生命科学学院, 广东 韶关 512005)
摘要: 利用电子克隆方法, 获得编 码美 洲螯 龙 虾( Homarus americanus) 肽 聚糖 识别 蛋 白( peptidoglycan recognition
protein, PGRP) 的 cDNA 序列及相应的氨基酸序列; 采用生物信息学方法对其进行基本理 化性质、亲疏水 性、信
号肽、二级结构、三级结构、细胞定位等的分 析。结果 获得一 段长 920 bp 的编码 美洲螯 龙虾 PGRP 的 cDNA 序
列, 包含一个长 834 bp 的开放阅读框, 编码 277 个氨基酸; 编码蛋白 是含有信号 肽的分泌蛋 白, 含有 1 个 C 端
PGRP 结构域, 表明是一种 PGRP; 分 析结 果显 示该 蛋白 与黑 腹果 蝇( Drosophila melanogaster) 短 型 PGRP-SC2 和
PGRP-SD 比较相似。
关键词: 美洲螯龙虾; 肽聚糖识别蛋白; 生物信息学; 电子克隆
中图分类号: Q 754 文献标志码: A 文章编号: 2095 - 0780 - ( 2013) 03 - 0001 - 07
In silico cloning and bioinformatics analysis of the cDNA encoding
a PGRP in Homarus americanus
JIAO Chuanzhen, TIAN Zhihuan
( College of Yingdong Life Science, Shaoguan University, Shaoguan 512005, China)
Abstract: We obtained a cDNA sequence that encoding a putative peptidoglycan recognition protein ( PGRP) of American lobster,
Homarus americanus, by in silicon cloning in this study; and analyzed the deduced protein by bioinformatics methods in terms of its
general physical and chemical properties, hydrophobicity, signal peptide, secondary / tertiary structure and localization sites in cells.
The results show that the obtai
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