A Functional Phylogenomic View of the Seed Plants 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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A Functional Phylogenomic View of the Seed Plants 英文参考文献.doc

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A Functional Phylogenomic View of the Seed Plants 英文参考文献

AFunctionalPhylogenomicViewoftheSeedPlants ErnestK.Lee1.,AngelicaCibrian-Jaramillo1,2,3.¤a,Sergios-OrestisKolokotronis1.¤b,ManpreetS.Katari3, AlexandrosStamatakis4¤c,MichaelOtt4,JoannaC.Chiu5,DamonP.Little2,DennisWm.Stevenson2 ,W. RichardMcCombie6,RobertA.Martienssen6*,GloriaCoruzzi3,RobDeSalle1* 1Sackler Institute for Comparative Genomics, American Museum of Natural History, New York, New York, United States of America, 2Cullman Program in Molecular Systematics,TheNewYorkBotanicalGarden,Bronx,NewYork,UnitedStatesofAmerica,3CenterforGenomicsandSystemsBiology,DepartmentofBiology,NewYork University, New York, New York, United States of America, 4Department of Computer Science, Technische Universita¨t Mu¨nchen, Munich, Germany, 5Department of Entomology,UniversityofCaliforniaDavis,Davis,California,UnitedStatesofAmerica,6ColdSpringHarborLaboratory,ColdSpringHarbor,NewYork,UnitedStatesof America Abstract A novel result of the current research is the development and implementation of a unique functional phylogenomic approach that explores the genomic origins of seed plant diversification. We first use 22,833 sets of orthologs from the nucleargenomesof101generaacrosslandplantstoreconstructtheirphylogeneticrelationships.Oneofthemoresalient resultsistheresolutionofsomeenigmaticrelationshipsinseedplantphylogeny,suchastheplacementofGnetalesassister totherestofthegymnosperms.Inusingthisnovelphylogenomicapproach,wewerealsoabletoidentifyoverrepresented functional gene ontology categories in genes that provide positive branch support for major nodes prompting new hypothesesforgenesassociatedwiththediversificationofangiosperms.Forexample,RNAinterference(RNAi)hasplayeda significantroleinthedivergenceofmonocotsfromotherangiosperms,whichhasexperimentalsupportinArabidopsisand rice.ThisanalysisalsoimpliedthatthesecondlargestsubunitofRNApolymeraseIVandV(NRPD2)playedaprominentrole inthedivergenceofgymnosperms.Thishypothesisissupportedbythelackof24ntsiRNAinconifers,thematernalcontrol ofs