Multi-Scale Modeling of HIV Infection in vitro and APOBEC3G-Based Anti-Retroviral Therapy 英文参考文献.docVIP
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Multi-Scale Modeling of HIV Infection in vitro and APOBEC3G-Based Anti-Retroviral Therapy 英文参考文献
Multi-ScaleModelingofHIVInfectioninvitroand
APOBEC3G-BasedAnti-RetroviralTherapy
IrajHosseini,FeilimMacGabhann*
InstituteforComputationalMedicineandDepartmentofBiomedicalEngineering,JohnsHopkinsUniversity,Baltimore,Maryland,UnitedStatesofAmerica
Abstract
The human APOBEC3G is an innate restriction factor that, in the absence of Vif, restricts HIV-1 replication by inducing
excessive deamination of cytidine residues in nascent reverse transcripts and inhibiting reverse transcription and
integration.ToshedlightonimpactofA3G-VifinteractionsonHIVreplication,wedevelopedamulti-scalecomputational
systemconsistingofintracellular(single-cell),cellularandextracellular(multicellular)eventsbyusingordinarydifferential
equations. The single-cell model describes molecular-level events within individual cells (such as production and
degradationofhostandviralproteins,andassemblyandreleaseofnewvirions),whereasthemulticellularmodeldescribes
theviraldynamicsandmultiplecyclesofinfectionwithinapopulationofcells.Weestimatedthemodelparameterseither
directlyfrompreviouslypublishedexperimentaldataorbyrunningsimulationstofindtheoptimumvalues.Wevalidated
ourintegratedmodelbyreproducingtheresultsofinvitroTcellcultureexperiments.Crucially,bothdownstreameffectsof
A3G(hypermutationandreductionofviralburstsize)werenecessarytoreplicatetheexperimentalresultsinsilico.Wealso
used the model to study anti-HIV capability of several possible therapeutic strategies including: an antibody to Vif;
upregulation of A3G; and mutated forms of A3G. According to our simulations, A3G with a mutated Vif binding site is
predictedtobesignificantlymoreeffectivethanothermoleculesatthesamedose.Ultimately,weperformedsensitivity
analysistoidentifyimportantmodelparameters.Theresultsshowedthatthetimingofparticleformationandvirusrelease
hadthehighestimpactsonHIVreplication.ThemodelalsopredictedthatthedegradationofA3GbyVifisnotacrucialstep
inHIVpathogenesis.
Citation:HosseiniI,MacGabhannF(2012)Multi-ScaleModelingofHIVInfection
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